從人類歷史的視野來看， 日本歷史是後進的歷史。 在兩河流域、尼羅河流域甚至黃河流域的文明發展數千年之後， 作為孤懸東亞大陸之外的島國，
日本早期的歷史很模糊， 像其他民族一樣， 多是神話傳說。 日本人大多信仰神道教， 自認為是天照大神的後裔。 自古代至今日本沒有改換過朝代， 始終為皇室一系。 在傳說中， 第一位天皇神武天皇于西元前660年建立日本國， 而前期的天皇除了年表、即位、系譜， 沒有任何歷史記載， 比較可信的天皇始自第十五代應神天皇。
日本的主體民族——和族屬於蒙古人種東亞類型， 應該是從東亞大陸經朝鮮半島遷移至日本列島的。 在北海道生活的阿伊努人是比和族更早的原住民， 屬於赤道人種。 在距今1萬年前至西元前3世紀， 日本處於石器時代， 因出土的陶器通常有繩紋裝飾， 這一時期稱為“繩文時代”。 而西元前3世紀的中國， 已經進入秦帝國， 兩者的差距可謂大矣。
西元前3世紀至西元3世紀， 由於這個時期代表性的彌生式陶器， 稱為“彌生時代”。 彌生文化與繩文文化迥異， 完全沒有繼承關係， 應該是外來移民促進了日本社會的發展，
3世紀末期至7世紀， 因後來發掘的很多墳墓遺跡而得名“古墳時代”。 大和政權迅速崛起， 出現了統一日本的雛形。 大和國曾進攻朝鮮， 向中國朝貢， 很多中國人、朝鮮人移民日本， 帶來了先進的文化， 漢字、儒學、佛教也傳入日本， 推動了日本文明的進步。
7世紀至8世紀初的“飛鳥時代”得名於奈良縣的飛鳥地方。 日本第一位女天皇推古天皇期間， 制定了十二階冠位和十七條憲法， 派遣使節和留學生到中國的隋朝學習。
710年遷都奈良(平城京)， 至794年遷都長岡京， 這一時期稱為“奈良時代”。 這是律令制社會的鼎盛時期， 也是日本文化的繁榮時期。 元正天皇頒佈《養老律令》，
奈良時代和其後的“平安時代”，日本一直在積極地向中國學習，共派出了19批遣唐使，也有大批中國人前往日本，鑒真六次東渡，終於成為日本佛教律宗的開山祖師。8世紀末至12世紀末的平安時代，日本將都城移至平安京(京都市)。以莊園為經濟基礎，武士集團強大起來。平安文化代表日本民族新文化形式的誕生，也是日本古典文化發展的頂峰。繁縟和唯美的和服此時出現，“大和繪”是日本風格的繪畫。紫式部的《源氏物語》是世界上最古老的長篇小說，也是日本古典文學的最高峰，不僅長久地影響日本的文學，也深深影響日本人的愛情觀念、美學觀念和生活態度。
1190年，源賴朝受封第一代征夷大將軍，並在鐮倉建立幕府，此後近800年幕府將軍成為日本實際的最高統治者。1274年、1281年，元朝軍隊兩次進攻日本，日軍無力抵抗，但兩次突如其來的狂風暴雨摧毀了元軍，拯救了日本，後稱“神風”。武士道最初的理論背景可以追溯到朱子理學，又深受禪學影響。在武士道精神影響下，日本人形成了一套與其他民族和國家截然不同的基於義理的價值評價體系。
1378年，足利義滿在京都建立室町幕府。1392年，日本60年的南北朝結束。幕府任命大名，大名成為類似諸侯的地主。室町時代前期，經濟貿易有所發展，但後期大量武士成為海盜，禍患中國、朝鮮沿海地區，對日本的對外關係乃至東亞局勢造成嚴重影響。這時歐洲進入大航海時代，1543年，葡萄牙人在寧波遇到颱風，漂流到九州南部，將火槍和鐵炮傳入日本，日本由此進入熱兵器時代。室町文化具有平民化特徵，茶道、花道、庭院、建築、連歌逐漸繁榮。
室町幕府後期，各地方大名崛起，武裝割據，互相攻伐，日本進入戰國時期。戰國時期，日本出現忍者這一特有職業。“戰國三傑”包括織田信長、豐臣秀吉和德川家康。織田信長廢除室町幕府，統一半個日本，但1582年被部下逼死。豐臣秀吉繼承其事業，1591年統一日本，結束了戰國時代。執政期間，他統一里程的計量單位，鑄造了統一的貨幣，整頓了海陸交通，促進了日本經濟發展和貿易繁榮。1592年，豐臣秀吉出兵侵略朝鮮，朝鮮向宗主國明王朝求救，平壤之戰，明軍大勝。1579年，日本再次侵略朝鮮，中朝聯軍與日軍在陸地、海洋激戰，日軍最終戰敗。戰爭後期，豐臣秀吉去世，德川家康終於戰勝了豐臣家族。
1603年，德川家康成為征夷大將軍，並在江戶（東京）建立幕府，實現了日本統一，開啟了260多年的“江戶時代”。德川家族建立起武家政治的新體制——幕藩體制。這一體制下，世襲的社會階層等級森嚴，士、農、工、商和賤民身份固化。政治相對穩定，經濟不斷發展，文化上朱子學興起。17世紀，日本畫壇興起的浮世繪版畫，藝術成就很高，影響遠至歐亞各地。人形淨琉璃、歌舞伎等本民族特色的藝術孕育而生。幕府實行閉關鎖國政策，禁止基督教傳教，社會矛盾激化，阻礙了經濟發展和社會進步。為了化解危機，德川幕府先後實行了享保改革、寬政改革和天保改革。
1853年，美國東印度艦隊司令佩里率領軍艦開到江戶灣口，以武力脅迫日本通商，史稱“黑船事件”。幕府迫于壓力，於第二年與美國簽訂了《日美親善條約》。隨後，又與西方其他國家分別簽訂條約，被迫打開國門。處於形勢的需要，天皇重新進入權力中心。尊王攘夷思潮興起，西南諸藩和天皇聯合，發起了倒幕運動。1867年，明治天皇睦仁下旨組織倒幕軍，討伐幕府將軍。次年，倒幕派成功發動政變，天皇宣佈廢除幕府，親主朝政。
1868年開始，日本以“殖產興業、文明開化、富國強兵” 三大政策為主，開展了被稱為“明治維新”的一系列改革，一舉成為亞洲第一個資本主義強國。明治維新的主要內容包括：廢藩置縣，加強中央集權，形成統一市場；推行“四民平等”，取消武士特權，為工商業提供充足的勞動力；在全國改革軍警制度，建立新式軍隊，創辦軍工產業；學習西方文明，引進西方科技與管理；發展現代教育，培養現代人才，整體提高國民素質。1889年，日本正式頒佈憲法，次年召開了首屆國會。“明治維新三傑”木戶孝允、西鄉隆盛、大久保利通在其中發揮了關鍵作用。“日本企業之父”澀澤榮一首創了日本現代企業制度——株式會社，參與創辦的企業超過500家。“日本近代教育之父”福澤諭吉對傳播西方資本主義文明起了巨大作用。“日本近代憲政之父”伊藤博文組織起草了明治憲法，組建了兩院制議會。
強盛的日本很快就開始對外擴張。1874年，琉球國船難者在臺灣被原住民殺害，日本借此進攻臺灣，製造了“牡丹社事件”。1875年，日本入侵朝鮮，並於次年與朝鮮簽訂《江華條約》。1879年，日本吞併國琉球國，改設為沖繩縣。1894年，朝鮮發生“東學党起義”，作為宗主國的中國清朝和日本同時出兵，日本借機向清軍發起全面進攻，史稱“日清戰爭”（即“甲午戰爭”）。戰爭期間，日本不僅控制了朝鮮政府，在平壤擊敗清軍，並越過鴨綠江，佔領了遼東半島。在黃海和威海衛，日本殲滅了李鴻章苦心經營的北洋艦隊。在攻陷旅順後，日本製造了“旅順大屠殺”。戰後，兩國簽訂《馬關條約》，朝鮮完全獨立，亞洲宗藩體制徹底崩潰；清朝將臺灣和澎湖割讓給日本，日本開始了對其50年的殖民統治；滿清賠款共計白銀2.3億兩，為日本經濟特別是軍事工業提供了巨大的資金支援。1904至1905年，日本向佔據中國東北的俄國軍隊進攻，發起了“日俄戰爭”。日本聯合艦隊殲滅了俄國太平洋艦隊和波羅的海艦隊，東鄉平八郎被譽為“戰神”。雙方陸軍在滿洲發起了奉天、遼陽等多次會戰，日軍取得了最終勝利。這場戰爭是遠東歷史乃至世界歷史的重要轉捩點，日本也就此進入列強行列。雙方戰死12萬餘人，戰爭方式具有開創意義，被稱為“第零次世界大戰”。戰後，雙方簽訂了《朴茨茅斯和約》，日本獲得了在朝鮮和中國滿洲的特權，關東軍在中國土地上誕生。1910年，《日韓合併條約》簽訂，日本正式吞併朝鮮，殖民朝鮮直至1945年。
第一次世界大戰爆發，日本積極加入協約國，出兵佔領德國佔領的中國山東、馬紹爾群島等，並入侵俄國遠東地區，直至1922年撤出。戰後，日本獲得德國在山東的特權，激起同為協約國成員的中國的強烈反對，發展成為著名的“五四運動”。一戰期間，日本不僅擴大了在國際社會的勢力範圍，成為一戰後國際秩序的制定者之一；經濟也獲得高速增長，由債務國變為債權國，工業產值超過農業產值。巴黎和會與華盛頓會議確立的凡爾賽—華盛頓體系，使日本國際地位空前提高。1923年，日本發生7.9級關東大地震，造成15萬人喪生。1929年世界經濟危機也波及日本，其國內陷入空前的經濟危機和社會危機，以軍部為代表的軍國主義分子勢力大增。
1931年，關東軍在奉天策劃了“九一八事變”，迅速控制中國東北。1932年，關東軍支持滿清末代皇帝溥儀在新京成立了滿洲國。同年，日本軍人殺死日本首相犬養毅。 1936年“二二六兵變”後，軍部完全控制了日本政府。1937年，華北駐屯軍策劃“盧溝橋事變”，中國華北隨即淪陷。中國軍隊向駐上海的日軍發起進攻，中國全面抗戰開始。上海、北平相繼失陷後，日本接連發起一系列正面攻勢，佔據了中國東部主要城市、樞紐和交通線，給中國人民造成巨大的生命財產損失。其中包括慘絕人寰的“南京大屠殺”。這一時期，西方世界實行綏靖政策，中國限於極端孤立的狀態。中國政府和人民以空間換時間，堅持持久抗戰，付出了巨大的努力和犧牲。
1939年，德國入侵波蘭，第二次世界大戰歐洲戰場形成。日本與蘇蒙聯軍在諾門罕地區交戰，日軍大敗。1940年，德國、義大利和日本簽署《德意日三國同盟條約》，成立柏林-羅馬-東京軸心軍事集團。1941年，日本突然攻擊美軍在太平洋的軍事基地珍珠港，太平洋戰爭爆發，日軍迅速佔領美國、英國等在亞洲的殖民地。美國、蘇聯、英國、中國等通過雅爾達、開羅、德黑蘭、波茨坦等幾次會議，逐漸形成抗擊法西斯的同盟。美國、蘇聯給予中國大量援助，支持了中國抗擊日本。在太平洋和亞洲的廣大地區，美國、中國、英國等軍隊與日軍展開全面交戰，經過多輪次的陸海大規模戰役，同盟國逐漸取得了戰爭主動權。1945年7月，美國、英國、蘇聯發表《波茨坦公告》。8月，美軍分別在廣島、長崎投下原子彈，造成數十萬人死亡，這是人類迄今唯一一次核武器用於實戰。蘇軍在中國東北對日軍發起攻擊，殲滅了關東軍。8月15日，裕仁天皇發表《終戰詔書》，第二次世界大戰就此結束。
日本戰敗，標誌著自明治維新以來其全面擴張戰略的徹底失敗。在80多年的對外戰爭中，日本給亞洲、太平洋地區國家和人民帶來深重的災難。戰後，日本失去了朝鮮、臺灣等殖民地，其勢力全面退出這些地區。1946年裕仁天皇發表“人間宣言”，承認自己不是“現世神”。1946至1948年，遠東國際軍事法庭進行了著名的東京審判。1947年，日本“和平憲法”正式實施，規定日本“永遠放棄以國權發動戰爭、武力威脅或物理行使作為解決國際爭端的手段”。天皇成為象徵性的國家元首，實行多党制，建立了真正的責任內閣制。由於原有工業基礎雄厚，教育和科技發達，高素質人才很多，以及和平憲法的保障，日本抓住第三次科技革命的機遇，1955年開始實現了20年的經濟高速增長，一躍成為世界第二大經濟體，始終保持西方世界美日歐三足鼎立的格局。隨著冷戰結束，世界多極化發展，日本一直尋求成為政治和軍事大國。2010年，中國GDP超過日本。中日韓對於歷史問題始終沒有共識。
奈良時代和其後的“平安時代”，日本一直在積極地向中國學習，共派出了19批遣唐使，也有大批中國人前往日本，鑒真六次東渡，終於成為日本佛教律宗的開山祖師。8世紀末至12世紀末的平安時代，日本將都城移至平安京(京都市)。以莊園為經濟基礎，武士集團強大起來。平安文化代表日本民族新文化形式的誕生，也是日本古典文化發展的頂峰。繁縟和唯美的和服此時出現，“大和繪”是日本風格的繪畫。紫式部的《源氏物語》是世界上最古老的長篇小說，也是日本古典文學的最高峰，不僅長久地影響日本的文學，也深深影響日本人的愛情觀念、美學觀念和生活態度。
1190年，源賴朝受封第一代征夷大將軍，並在鐮倉建立幕府，此後近800年幕府將軍成為日本實際的最高統治者。1274年、1281年，元朝軍隊兩次進攻日本，日軍無力抵抗，但兩次突如其來的狂風暴雨摧毀了元軍，拯救了日本，後稱“神風”。武士道最初的理論背景可以追溯到朱子理學，又深受禪學影響。在武士道精神影響下，日本人形成了一套與其他民族和國家截然不同的基於義理的價值評價體系。
1378年，足利義滿在京都建立室町幕府。1392年，日本60年的南北朝結束。幕府任命大名，大名成為類似諸侯的地主。室町時代前期，經濟貿易有所發展，但後期大量武士成為海盜，禍患中國、朝鮮沿海地區，對日本的對外關係乃至東亞局勢造成嚴重影響。這時歐洲進入大航海時代，1543年，葡萄牙人在寧波遇到颱風，漂流到九州南部，將火槍和鐵炮傳入日本，日本由此進入熱兵器時代。室町文化具有平民化特徵，茶道、花道、庭院、建築、連歌逐漸繁榮。
室町幕府後期，各地方大名崛起，武裝割據，互相攻伐，日本進入戰國時期。戰國時期，日本出現忍者這一特有職業。“戰國三傑”包括織田信長、豐臣秀吉和德川家康。織田信長廢除室町幕府，統一半個日本，但1582年被部下逼死。豐臣秀吉繼承其事業，1591年統一日本，結束了戰國時代。執政期間，他統一里程的計量單位，鑄造了統一的貨幣，整頓了海陸交通，促進了日本經濟發展和貿易繁榮。1592年，豐臣秀吉出兵侵略朝鮮，朝鮮向宗主國明王朝求救，平壤之戰，明軍大勝。1579年，日本再次侵略朝鮮，中朝聯軍與日軍在陸地、海洋激戰，日軍最終戰敗。戰爭後期，豐臣秀吉去世，德川家康終於戰勝了豐臣家族。
1603年，德川家康成為征夷大將軍，並在江戶（東京）建立幕府，實現了日本統一，開啟了260多年的“江戶時代”。德川家族建立起武家政治的新體制——幕藩體制。這一體制下，世襲的社會階層等級森嚴，士、農、工、商和賤民身份固化。政治相對穩定，經濟不斷發展，文化上朱子學興起。17世紀，日本畫壇興起的浮世繪版畫，藝術成就很高，影響遠至歐亞各地。人形淨琉璃、歌舞伎等本民族特色的藝術孕育而生。幕府實行閉關鎖國政策，禁止基督教傳教，社會矛盾激化，阻礙了經濟發展和社會進步。為了化解危機，德川幕府先後實行了享保改革、寬政改革和天保改革。
1853年，美國東印度艦隊司令佩里率領軍艦開到江戶灣口，以武力脅迫日本通商，史稱“黑船事件”。幕府迫于壓力，於第二年與美國簽訂了《日美親善條約》。隨後，又與西方其他國家分別簽訂條約，被迫打開國門。處於形勢的需要，天皇重新進入權力中心。尊王攘夷思潮興起，西南諸藩和天皇聯合，發起了倒幕運動。1867年，明治天皇睦仁下旨組織倒幕軍，討伐幕府將軍。次年，倒幕派成功發動政變，天皇宣佈廢除幕府，親主朝政。
1868年開始，日本以“殖產興業、文明開化、富國強兵” 三大政策為主，開展了被稱為“明治維新”的一系列改革，一舉成為亞洲第一個資本主義強國。明治維新的主要內容包括：廢藩置縣，加強中央集權，形成統一市場；推行“四民平等”，取消武士特權，為工商業提供充足的勞動力；在全國改革軍警制度，建立新式軍隊，創辦軍工產業；學習西方文明，引進西方科技與管理；發展現代教育，培養現代人才，整體提高國民素質。1889年，日本正式頒佈憲法，次年召開了首屆國會。“明治維新三傑”木戶孝允、西鄉隆盛、大久保利通在其中發揮了關鍵作用。“日本企業之父”澀澤榮一首創了日本現代企業制度——株式會社，參與創辦的企業超過500家。“日本近代教育之父”福澤諭吉對傳播西方資本主義文明起了巨大作用。“日本近代憲政之父”伊藤博文組織起草了明治憲法，組建了兩院制議會。
強盛的日本很快就開始對外擴張。1874年，琉球國船難者在臺灣被原住民殺害，日本借此進攻臺灣，製造了“牡丹社事件”。1875年，日本入侵朝鮮，並於次年與朝鮮簽訂《江華條約》。1879年，日本吞併國琉球國，改設為沖繩縣。1894年，朝鮮發生“東學党起義”，作為宗主國的中國清朝和日本同時出兵，日本借機向清軍發起全面進攻，史稱“日清戰爭”（即“甲午戰爭”）。戰爭期間，日本不僅控制了朝鮮政府，在平壤擊敗清軍，並越過鴨綠江，佔領了遼東半島。在黃海和威海衛，日本殲滅了李鴻章苦心經營的北洋艦隊。在攻陷旅順後，日本製造了“旅順大屠殺”。戰後，兩國簽訂《馬關條約》，朝鮮完全獨立，亞洲宗藩體制徹底崩潰；清朝將臺灣和澎湖割讓給日本，日本開始了對其50年的殖民統治；滿清賠款共計白銀2.3億兩，為日本經濟特別是軍事工業提供了巨大的資金支援。1904至1905年，日本向佔據中國東北的俄國軍隊進攻，發起了“日俄戰爭”。日本聯合艦隊殲滅了俄國太平洋艦隊和波羅的海艦隊，東鄉平八郎被譽為“戰神”。雙方陸軍在滿洲發起了奉天、遼陽等多次會戰，日軍取得了最終勝利。這場戰爭是遠東歷史乃至世界歷史的重要轉捩點，日本也就此進入列強行列。雙方戰死12萬餘人，戰爭方式具有開創意義，被稱為“第零次世界大戰”。戰後，雙方簽訂了《朴茨茅斯和約》，日本獲得了在朝鮮和中國滿洲的特權，關東軍在中國土地上誕生。1910年，《日韓合併條約》簽訂，日本正式吞併朝鮮，殖民朝鮮直至1945年。
第一次世界大戰爆發，日本積極加入協約國，出兵佔領德國佔領的中國山東、馬紹爾群島等，並入侵俄國遠東地區，直至1922年撤出。戰後，日本獲得德國在山東的特權，激起同為協約國成員的中國的強烈反對，發展成為著名的“五四運動”。一戰期間，日本不僅擴大了在國際社會的勢力範圍，成為一戰後國際秩序的制定者之一；經濟也獲得高速增長，由債務國變為債權國，工業產值超過農業產值。巴黎和會與華盛頓會議確立的凡爾賽—華盛頓體系，使日本國際地位空前提高。1923年，日本發生7.9級關東大地震，造成15萬人喪生。1929年世界經濟危機也波及日本，其國內陷入空前的經濟危機和社會危機，以軍部為代表的軍國主義分子勢力大增。
1931年，關東軍在奉天策劃了“九一八事變”，迅速控制中國東北。1932年，關東軍支持滿清末代皇帝溥儀在新京成立了滿洲國。同年，日本軍人殺死日本首相犬養毅。 1936年“二二六兵變”後，軍部完全控制了日本政府。1937年，華北駐屯軍策劃“盧溝橋事變”，中國華北隨即淪陷。中國軍隊向駐上海的日軍發起進攻，中國全面抗戰開始。上海、北平相繼失陷後，日本接連發起一系列正面攻勢，佔據了中國東部主要城市、樞紐和交通線，給中國人民造成巨大的生命財產損失。其中包括慘絕人寰的“南京大屠殺”。這一時期，西方世界實行綏靖政策，中國限於極端孤立的狀態。中國政府和人民以空間換時間，堅持持久抗戰，付出了巨大的努力和犧牲。
1939年，德國入侵波蘭，第二次世界大戰歐洲戰場形成。日本與蘇蒙聯軍在諾門罕地區交戰，日軍大敗。1940年，德國、義大利和日本簽署《德意日三國同盟條約》，成立柏林-羅馬-東京軸心軍事集團。1941年，日本突然攻擊美軍在太平洋的軍事基地珍珠港，太平洋戰爭爆發，日軍迅速佔領美國、英國等在亞洲的殖民地。美國、蘇聯、英國、中國等通過雅爾達、開羅、德黑蘭、波茨坦等幾次會議，逐漸形成抗擊法西斯的同盟。美國、蘇聯給予中國大量援助，支持了中國抗擊日本。在太平洋和亞洲的廣大地區，美國、中國、英國等軍隊與日軍展開全面交戰，經過多輪次的陸海大規模戰役，同盟國逐漸取得了戰爭主動權。1945年7月，美國、英國、蘇聯發表《波茨坦公告》。8月，美軍分別在廣島、長崎投下原子彈，造成數十萬人死亡，這是人類迄今唯一一次核武器用於實戰。蘇軍在中國東北對日軍發起攻擊，殲滅了關東軍。8月15日，裕仁天皇發表《終戰詔書》，第二次世界大戰就此結束。
日本戰敗，標誌著自明治維新以來其全面擴張戰略的徹底失敗。在80多年的對外戰爭中，日本給亞洲、太平洋地區國家和人民帶來深重的災難。戰後，日本失去了朝鮮、臺灣等殖民地，其勢力全面退出這些地區。1946年裕仁天皇發表“人間宣言”，承認自己不是“現世神”。1946至1948年，遠東國際軍事法庭進行了著名的東京審判。1947年，日本“和平憲法”正式實施，規定日本“永遠放棄以國權發動戰爭、武力威脅或物理行使作為解決國際爭端的手段”。天皇成為象徵性的國家元首，實行多党制，建立了真正的責任內閣制。由於原有工業基礎雄厚，教育和科技發達，高素質人才很多，以及和平憲法的保障，日本抓住第三次科技革命的機遇，1955年開始實現了20年的經濟高速增長，一躍成為世界第二大經濟體，始終保持西方世界美日歐三足鼎立的格局。隨著冷戰結束，世界多極化發展，日本一直尋求成為政治和軍事大國。2010年，中國GDP超過日本。中日韓對於歷史問題始終沒有共識。