系統性硬皮病除皮膚外可累及內臟器官。受累的器官均有小血管病變，管壁纖維化增厚，管腔狹窄甚至閉塞。肢端，尤其是兩手的小動脈陣發性痙攣，皮膚蒼白、發涼，以後青紫、發紅並漸恢復正常，伴陣發性疼痛常為本病的早期症狀，也可伴有關節痛。具體可有以下症狀：
1.皮膚硬化常先累及雙手及面部，局部先腫脹，以後發硬，捏之不起皺紋;
2.指甲變小，指腹萎縮，手指末節可縮短;
3.皮膚硬化可逐漸向臂部及軀幹發展，下肢較少受累;
4.面部可呈典型的硬皮病面容：面部發緊、發亮、無皺紋，鼻尖，唇薄，張口受限，口周有放射狀溝紋，有時面部可有毛細血管擴張;
5.軀幹上方可有色素沉著及色素減退斑;
6.內臟器官中以食管最易受累，表現吞咽困難，鋇餐造影可見約75%患者表現食管上段擴張，下段狹窄，蠕動減少，有時胃腸道也有類似改變;病理檢查可見食管下2/3和胃腸道粘膜下纖維組織增生及慢性炎症浸潤;
7.肺部受累可表現為間質性肺炎、肺纖維化及肺動能減低，尤其是彌散功能減低;
8.心臟受累則可有心律失常，心臟擴大，甚至左心衰竭;
9.腎臟受累不多見，一般出現於疾病的晚期，可出現惡性高血壓或急性腎功能衰竭。