過敏性痤瘡發病機制頗為複雜，至今為止尚未完全闡明。一般認為過敏性痤瘡的發生與遺傳、免疫以及生理和藥理性介質反應異常有關。很可能是某些遺傳控制的基本環節缺陷和障礙在多方面的表現。
遺傳因素
70%過敏性痤瘡患者家族中有遺傳過敏性皮炎、哮喘、過敏性鼻炎等遺傳過敏史。患者本人及其家族中成員對某些體內外物質的敏感性往往高於正常人。據統計表明：雙親皆有過敏性痤瘡表現者約70%後代也可發生過敏性痤瘡;若父母中僅一方有過敏性痤瘡則子女大致半數可有過敏性痤瘡;然而在過敏性痤瘡患者中還有40%的父母未發現過敏性痤瘡的表現。
免疫因素
過敏性痤瘡變應原以食物，特別是蛋白質食品尤為常見;通過呼吸道吸入的各種物質，如屋塵、花粉、動物之毛及皮屑等亦不能忽視。通常認為嬰兒期過敏性痤瘡是以食物過敏為主，而兒童期過敏性痤瘡以吸入物過敏居多。
其他因素
除上述以外，過敏性體質，代謝、內分泌或消化道功能紊亂，神經精神功能障礙，過度疲勞，精神緊張，病灶感染，腸寄生蟲病，靜脈曲張，多汗，皮膚乾燥，季節氣候變化、強烈搔抓刺激等均與過敏性痤瘡發病有關，是重要的誘發因素。