引起牙源性三叉神經痛最常見的原因為炎症，如急性牙髓炎、急性牙周炎、根尖炎、齲齒等。此外，尚有髓石、阻生齒等因素，均可引起頭面部痛。
急性牙髓炎：急性牙髓炎是由於感染、化學或物理刺激引起的局限於牙髓的急性炎症反應。其主要症狀為頭面部自發的劇烈性疼痛，難以忍受，夜間尤甚．疼痛呈陣發性，間歇時間的長短與牙髓炎病變程度和性質有關。一般早期疼痛持續時間短，間歇時間長；晚期疼痛持續時間長，而間歇時間短，甚至為持續性痛。痛常沿三叉神經分佈區域放散到同側上頜、下頜牙齒及顏面部、耳顳部。但是，這種放散性、不定位疼痛只發生在同側，不會越過中線到對側。一般急性牙髓炎早期對冷熱刺激很敏感，而晚期對冷熱刺激更為敏感；化膿期冷刺激可使疼痛減輕，熱刺激則加重症波及根尖部牙周膜，可出現咬殆痛及輕微叩痛。由於牙髓炎絕大多數為齲齒所致，檢查時可發現齲齒洞。
髓石：由於牙髓的血液迴圈障礙，是組織營養不良而發生鈣化性變，並形成微小的或大塊的鈣鹽沉積物，即叫髓石。牙髓鈣化變較常發生，而多無臨床症狀發生，少數患者可出現類似三叉神經痛的症狀，而未有其他症狀。髓石引起的疼痛未有扳機點。x線片顯示髓石徵象，經牙髓治療後症狀消失。並可與原發性三叉神經痛區分開來。