肛瘺的分類方法很多，簡單介紹下面兩種：
一、按瘺管位置高低分類
1、低位肛瘺：瘺管位於外括約肌深部以下。可分為低位單純性肛瘺（只有1個瘺管）和低位複雜性肛瘺（有多個瘺口和瘺管）。
2、高位肛瘺：瘺管位於外括約肌深部以上。可分為高位單純性肛瘺（只有1個瘺管）和高位複雜性肛瘺（有多個瘺口和瘺管）。此種分類方法，臨床較為常用。
二、按瘺管與括約肌的關係分類
1、肛管括約肌間型：約占肛瘺的70%，多因肛管周圍膿腫引起。瘺管位於內外括約肌之間，內口在齒狀線附近，外口大多在肛緣附近，為低位肛瘺。
2、經肛管括約肌型：約占25%，多因坐骨肛管間隙膿腫引起，可為低位元或高位肛瘺。瘺管穿過外括約肌、坐骨直腸間隙，開口于肛周皮膚上。
3、肛管括約肌上型：為高位肛瘺，較為少見，約占4%，瘺管在括約肌間向上延伸，越過恥骨直腸肌，向下經坐骨直腸間隙穿透肛周皮膚。
4、肛管括約肌外型：最少見，僅占1%。多為骨盆直腸間隙膿腫合併坐骨肛管間隙膿腫的後果。瘺管自會陰部皮膚向上經坐骨直腸間隙和肛提肌，然後穿入盆腔或直腸。這類肛瘺常因外傷、腸道惡性腫瘤、Crohn病引起，治療較為困難。