採集後的原生藥，並不能直接供給臨床醫生處方使用，而要根據製藥和臨床醫生治病的需求，對每一種原生藥進行適當的加工處理，以確保用藥安全有效。常用的方法有修制，水制兩大類。
修制是最簡單的對藥材初步加工處理的方法，也是藥材炮製或運用前的準備階段。常用的方法有挑、揀、篩、刷、刮、鎊、銼、切、鍘等，以使藥物純淨、碎細。如挑出麻黃的根；揀出合歡花中的枝葉；刷去枇杷葉上的細毛、石葦葉背面的絨毛，刮去厚樸、肉桂的粗表皮；菟絲子、蘇子篩擊沉沙；革決明、萊菔予簸去果殼，牡蠣、龍骨搗碎，犀角、羚羊角鎊成薄片或矬成細末；天麻切成薄片，白術切厚片，白芍切成圓片、桑白皮切絲，白茅根鍘成段等。
水制：藥材在初步加工過程中，用清水（或其它液體轆料）處理藥材的一種操作方法，稱為水制法。常用的水制法有洗、淘、漂、泡、潤、飛等。這監方法都是為了除去藥物表面附著之泥沙、髒垢彈物，或使藥材質地軟化、便於切片，或使藥材本身台有的毒性物質減少。在製作時必須根據藥材的髒垢程度，質地、氣味，或藥材本身含有在水中易於溶解的物質來決定在用水處理時所用時間的長短。
1、淘洗，是用清水洗去萄材表面的髒垢異物、泥沙、雜質，或陳去種子、果實的癟粒。適用於種子、果實、根及根莖，貝殼等類藥材，如蘆根、麥冬、木瓜、補骨脂、石決明、牡蠣等。石決明、牡蠣等貝殼類藥材，髒拆較多，可以泡存水中洗；質地築松的藥材如防風、黃芪、獨活等，應當分批洗，在水中的時間要短，以免影響藥材的品質。對於含有多量粘液質的藥材如車前子、葶藶子在水中易成粘團，故不宜在水中洗，只能曬乾篩簸去泥沙、雜質等。
2、水漂，是將藥材置於盛有多量水的容器中，並每天換水，或特藥材放置容器內以長流水浸漂的一種方法。至於換水次數和漂的天數，要根據藥物的性質、季節而定。一般以春秋二季為宜。如半夏、南星、白附予漂去毒性以無麻味為度，紫河車漂去腥味，成蓯蓉、昆布、海螵蛸漂去鹹苦味等。
3、浸泡，是將藥材放入水中（或其它液體）中泡，以至符合要求為度。適用於質地較堅硬或對品質無影響的藥材。浸泡時間的長短，應根據藥材的品種、新陳、大小，質地軟硬，應以地區，季節、氣候而定。並定期換水和攪拌，防止藥材變質、黴爛等。如白芍、白術水泡2-3小時，龜板、鱉甲泡的時間更長，直至皮肉腐爛後，刮淨皮肉洗淨曬乾等。
4、濕潤，是將藥材質地軟化的重要手段之一。其作法是把藥材洗淨用清水略泡，或稍微長泡或噴灑清水後，置適當的容器內，保持濕潤狀態，使水份徐徐滲透到藥物組織內部，達到藥材質地軟化為度，便於切片。對藥物有效物質損失亦小。如淋潤薄荷，泡潤檳榔，酒洗當歸，薑汁潤厚樸等。
5、水飛，借用藥物微粒的大小，在水中沉降的速度不同，以制取微細粉末的一種方法，叫水飛。具體作法是把藥物先粉碎置於乳缽中加水共研，研至缽底部無響聲時。再加較多量的水攪拌，使細粉懸浮，粗粒下沉，然後將上層混懸液傾入另一容器中，靜置使細粉完全沉積，倒出上層清水，即得細粉。如水飛滑石、朱砂、爐甘石。另有一種火飛，亦稱煆或炒，如火飛硼砂就是把酬砂研至細粉。