治療小兒疾病時，應當掌握治療及時，用藥果敢而又慎重的原則。因為小兒病理特點之一是變化迅速，易寒易熱，易虛易實，爭取時間治療，小兒比成人更為重要。否則輕病變重，重病轉危。所以在正確診斷的同時，治療必須及時，用藥必須果敢，特別是危重病兒，更為必要。但在及時、果敢之中，又須要傲到慎重。因為小兒的生理特點為臟腑嬌嫩，形氣未充，病理特點為發病容易，傳變迅速，用藥稍有不當，不僅可以傷害臟腑功能，而且可以促使病情發生劇變。
兒科疾病的用藥，雖與內科有相似之處，但因小兒生理病理與成人有別，所以用藥又獨具特點。因此在應用藥物治療小兒疾病時，應當結合小兒的特點，在上述原則的指導下，注意以下七個方面。
1、解表發汗，不可太過小兒臟腑嬌嫩，腠理不密，雖有表證宜汗，但不可發散太過，以防衛氣不固，氣陰大傷。
2、大寒大熱，中病即止小兒為稚陰稚陽之體，而大辛大熱之品，如附子、烏頭、細辛、桂枝等，足以動火生熱，耗損真陰；大苦大寒之味，如大黃、黃芩、黃連、黃柏等，易傷脾胃，損害生氣。因此在應用時，要有分寸，中病即止。
3、攻伐有毒，不可過服小兒肌體薄弱，耐受力差，運用有毒之品和峻猛攻伐之藥，不宜過量，更不能久服，以免損傷臟腑生髮之氣或發生中毒。
4、補益之藥，不可濫投小兒生機旺盛，只要哺養得當，護理適宜，就能正常生長發育，即使體質較弱，如能注意調養，適當給以補藥，也能較快恢復，湊不可久用或濫用補益之藥，以防由藥物之偏勝引起弊端。
5、劑量大小，要常中有變小兒用藥劑量，1歲左右為成人劑量的1/3，5歲左右為成人劑量的1/2，10歲左右略小於成人，14歲以後即與成人相同。由於小兒服藥時浪費較多，其用量可較折合量略大。此外，還應根據藥物的不同性能，考慮其用量的差異。如健脾和中、消食化滯、補氣養血類藥物，藥性平和，劑量可酌情大於折合量I理氣藥一般應小於折合量，以免耗氣破氣，峻猛攻伐及有毒藥物，開始用量宜小，患兒耐受良好者，方可加大。
6、法同藥類，要注意特點兒科疾病的治療法則與成人基本相同，用量雖然大體相類，但因小兒病理特點與成人不盡相同，因此甩藥又同中有異。如同是表證，疏風解表則同，但因小兒臟腑嬌嫩，邪多犯肺，每兼咳嗽痍多等症，所以小兒疏風解表劑中常要加入宣肺化痰之品。食積內停，消化不良，治療就應消食導滯，但因小兒“脾常不足”，所以又需在消導劑中加入健脾和胃之味。小兒外感發熱，常因“肝常有餘”導致熱極生風，發生驚厥、抽搐的病證，因此在外感病中如見煩躁、驚惕現象，就應在解表透邪劑中加入平肝熄風的藥物。
7、給藥方法，應考究靈活小兒服藥，一般一劑可分3-6次用，年齡越小分次越多，以免引起嘔吐。喂藥時應固定小兒頭手，用小匙將藥放到舌根部，使小兒自然吞下，切勿捏鼻，以防藥液進入氣管。對於重症、危症，或昏迷的小兒不能吞咽藥物，也可用鼻飼法給藥。煎劑應適當濃縮。對於嬰幼兒，丸、片必須研細。散劑也要調水，以免引起嗆咳。在不影響藥效的前提下，還可加些食糖調味，或將藥混入乳汁、湯粥內服用。對於一些輕證和慢性疾病，也可採用食物治療。如用雞內金焙乾研末，加入粥內同食，以治消化不良，用二醜，檳榔炒後研末，與面台烙餅食用，以治蟲證。