肛瘺系指與肛管或直腸腔相通的瘺管而言，肛瘺是肛門直腸周圍膿腫破潰後的後遺症。瘺管一端通于肛管內肛竇和肛腺的感染灶，稱內口;另一端通至肛門周圍皮膚，稱外口。
民間根據它的主要症狀，是從肛門周圍皮膚上的瘡口不斷地向外流膿和膿血，就像破房子經常漏水一樣，故古人把它命名為“瘺”。嚴重的肛瘺見糞便流出，故人們更形象的比喻稱之為“老鼠偷糞”。
瘺和竇不同，瘺是在體內和體外有兩個瘺口互通的管道，它可以向體外漏出分泌物和膿汁。竇是有竇底，只有一個向外開口的竇道漏出分泌物及膿血的特點。臨床上瘺管與竇道是有所區別的，切不可將二者混為一談。
肛瘺的形成，是肛門直腸周圍膿腫發展的必然結果，形成肛瘺大致要經過四個階段：
第一個階段，肛隱窩、肛門瓣感染發炎。開始僅限於局部的炎症，這時若未能及時治療，炎症即可以向肛門周圍蔓延。
第二個階段，炎症從局部的肛隱窩和肛門瓣開始，逐漸蔓延擴散，形成肛門直腸周圍炎。如果炎症不能得到控制，就可能侵入到抗病能力低的組織間隙之中。
第三個階段，由於肛門直腸周圍組織間隙的抗病能力下降，便成為病菌入侵、擴散、積聚繁殖的地方，致使這裡的組織容易感染發炎，正不勝邪，而形成肛門直腸周圍膿腫。若肛門直腸膿腫在早期能夠處理得當，往往可使膿腫消散治癒，不遺留後遺症;如延誤早期的治療時機或處理不當，組織壞死膿液可順其局部間隙擴散，使病情加重複雜化，因此應儘早手術切開引流，使膿液排泄，控制炎症發展。
第四個階段，肛門直腸周圍膿腫自行破潰或經切開引流換藥處理後，膿腔雖逐漸縮小，但潰瘡卻久不收口，這時腔壁已形成結締組織增生的堅硬管道壁，中間遺留之空隙，這就是瘺道，膿液經常順從瘺道流出，反復感染，反復發作，經久不能自愈，而成為瘺管。