灰指甲應該與以下疾病進行鑒別：
甲牛皮癬 在牛皮癬中有10%-50%可出現甲病變。常多個指甲同時受累，指（趾）甲增厚、混濁、呈灰褐色。甲表面可有頂針樣凹陷，橫脊或縱脊，甲板自游離緣起逐漸向後與甲床分離，其甲板間隙中堆積較多角質性碎片，甲根部及周圍常柯紅斑鱗屑。甲病理可有甲角化不全等牛皮癬病理改變。若發現甲以外有牛皮癬的典型皮損右助於確定診斷，但也有在甲牛皮癬的基礎上繼發真菌感染者。
甲扁平苔蘚：約10%的扁平苔蘚可累及甲，常表現為全甲毀損，多個甲受累。表現為近端甲皺凸出，取代甲凹陷點，有不規則縱溝、縱脊。甲板變薄、下陷或甲胬肉樣改變。全身可有扁平苔蘚的典型皮損。甲病理助於診斷。
濕疹所致甲病變：慢性濕疹累及指趾甲周可引起甲病變。出現變形，變色、增厚、粗糙、凹陷點、橫脊和溝，嚴重者指甲脫失。結合局部及全身濕疹樣皮損，甲真菌檢查陰性可資鑒別。
斑禿的指甲病變：在斑禿中常見，單個或多個指趾甲受累。早期病變與脫髮程度一致，有時甲病變己幹毛髮脫落，但與毛髮再生無關。甲板有較多點狀凹陷，此點狀凹陷比牛皮癬者小，呈縱線或橫線排列。彌漫性顏色改變，有黃色、灰色或褐色，甲板表面粗糙、失去光澤，甲板變薄，質碎以至全部脫落。也可在斑禿病甲中分離出真菌。
先天性厚指甲症：為遺傳性皮膚病，從小發病，有家族史。所有指趾甲進行性增厚，幾年脫落1次，以後甲又不斷增厚，嚴重影響甲的外觀和功能。仔細查體可發現毛周角化症．皮膚乾燥、毛髮生長不良的外胚葉發育障礙的表現。