運動療法治療脂肪肝並非人人適用，而且不同的患者，由於個體條件的限制，選擇的運動方式、運動的時間、運動量都不盡相同，在運動的過程中也有很多需要注意的問題。
1.採用個體化運動處方
根據患者年齡、性別、體重、原來的基礎活動量大小，鍛煉場所和條件，工作性質，患者心、肺、腦等功能狀態制訂運動處方。既要適合患者的具體特點，又要掌握其適宜的“消耗氧量”，要達到安全科學標準。如已有臏骨軟化及下肢關節病變的患者，不宜選擇慢跑和爬樓梯運動。
2.注意有氧環境
到空氣新鮮的湖邊、山坡、樹叢、草地去，進行快速散步、慢跑、騎車、爬坡、跳舞、打拳、做廣播健身體操等。避免每天都採用踢足球、打籃球、短跑等太多的耗氧運動項目。
3.掌握運動量
對運動時間、頻率、運動量、自身能經受的運動度應適當掌握。
運動量適宜：運動後有微汗，精神愉快，飲食、睡眠良好。稍有疲乏感或肌肉酸痛，但休息一夜即可消失，次日體力充沛，仍有運動欲望。在逐步增加運動量時不感到頭暈腦脹，呼吸困難甚至嘔吐等。中等量的運動時間每次約45分鐘，每週運動不少於3次。如果在急性脂肪肝的炎症階段或脂肪性肝炎的活動期，轉氨酶超過300U/L時，應適當控制和減少運動量，遇有肝、腎、心功能不全的情況，要注意是否運動超量，此時要注意安排好休息，直到體力恢復，保持食欲良好後繼續運動療法。
運動量過大：運動中或運動後出大汗，甚至頭暈、眼花、胸悶、氣短，非常疲乏，脈搏在運動後5分鐘仍不能恢復。
(3）運動量不足：運動後身體無發熱感，無汗，脈搏無變化或在2分鐘內即恢復。
4.循序漸進
運動鍛煉應有長計畫、短安排，切勿操之過急。在減重減肥的指標提出後，不可急於求成，欲速則不達，而且往往會物極必反。應當在提出奮鬥目標後，把時間安排成每三個月為一階段，在運動量和運動時間的把握上，一定要按個人體力逐漸遞增，並根據身體情況和消脂減肥的變化適當調整進度，以達到既發揮運動的治療作用，又避免了不良反應的發生。真正達到運動療法對脂肪肝患者有效的治療成果。
5.選擇運動時間
清晨空氣污染較重，而且有心、腦血管併發症者容易受到冷空氣刺激而發病，所以不宜清晨鍛煉。早餐前也不宜鍛煉，因為空腹鍛煉可能引起低血糖。提倡在晚飯後半小時開始鍛煉，這正是血糖較高的時候，此時鍛煉有利於消耗糖分，而且鍛煉完畢後睡覺，有利於睡眠，防止肥胖。
6.注意細節
有糖尿病疾患的脂肪肝患者，要避免低血糖發生。運動前患者應準備醫療卡，寫明姓名、住址、電話或手機號碼、連絡人、患病情況、就診醫院等，便於運動中佩戴，發生意外時可及時發現並處理。運動後出汗較多，不宜馬上洗冷水浴或吹空調、電扇，在洗熱水浴前要適當飲水。