雷公藤有顯著的抗炎、鎮痛、免疫抑制等作用，對治療類風濕關節炎具有一定療效，但亦有不良反應。雷公藤的毒副作用大小與用藥劑量有關，通常用藥量越大，毒副作用就越明顯。
1、消化系統不良反應：雷公藤導致消化系統不良反應發生頻率最高，在正常劑量範圍內就可發生。主要表現為厭食、噁心、嘔吐、腹脹、腹瀉等症狀，有時可出現消化道出血。飯後服藥或同時服用保護胃黏膜的藥物，可減輕這些症狀。
2、皮膚黏膜不良反應：雷公藤引起皮膚黏膜不良反應較多，表現為皮膚瘙癢、發紅、糜爛、潰瘍、水腫、斑丘疹、蕁麻疹、藥疹、結節性紅斑、口腔黏膜皰疹、色素沉著、脫髮、變應性血管炎等。一般停藥後即可消失，情況嚴重者應行抗過敏治療和對症處理。
3、血液系統不良反應：雷公藤對骨髓有抑制作用，可引起白細胞減少、紅細胞減少、血小板減少及全血細胞減少。對發生不良反應者，應定期檢測血細胞變化，及時停藥或調整藥物劑量和療程，並積極改善骨髓功能和對症治療。
4、生殖系統不良反應：雷公藤能對生殖系統造成嚴重影響，尤其是年輕女性，可嚴重損害生殖系統功能，抑制雌激素和孕激素的分泌，引起月經紊亂，甚至閉經。同時雷公藤可以使男性精子生成受阻，影響精子發育，導致不育，故未生育的患者應慎用。
5、心血管不良反應：主要表現為心慌、胸悶、氣短、心律失常及心電圖改變。發生異常時及時停藥，積極對症處理，並定期監測心電圖。