肝癌根治性切除後5年內累計復發的患者可超過半數，因此，防止復發非常重要。肝癌手術後給予輔助治療的目的就是降低術後復發的風險。
肝動脈栓塞化療是術後主要的輔助治療。不過，肝動脈栓塞化療本身對肝功能有一定的損害，因此，國內外對肝癌根治性手術後是否應該用輔助性的肝動脈栓塞化療有爭議。現在大家一般認為，對於那些術後復發風險大的患者，還是應該做1～2次肝動脈栓塞化療。如果是小肝癌，也沒有血管侵犯，而且是單個的結節，也不一定在術後做輔助性的肝動脈栓塞化療，特別是那些肝硬化比較嚴重的小肝癌，術後還是慎用肝動脈栓塞化療的。
臨床試驗結果證實，根治性手術後應用干擾素能降低術後復發率。干擾素不良反應相對較小，多數患者能夠耐受，通常需要應用1～2年。現在研究表明，檢查術後切除的肝癌標本，如果一種叫P48的蛋白陽性，則干擾素應用的效果更好。
目前一般不主張術後給予全身性的化療，因為肝癌對傳統的化療藥物不敏感．沒有證據表明全身性的化療對預防術後復發有效，且全身化療不良反應大，對肝癌切除後的患者而言，恐怕是弊大於利。