肌層浸潤性膀胱癌是指癌細胞的生長深度已經到達膀胱肌層，更容易發生轉移轉移。因此這肌層浸潤性膀胱癌一般選擇全膀胱切除並盆腔淋巴結清掃術。臨床上應用最為廣泛的兩種手術方式為回腸膀胱術與原位新膀胱術。
回腸膀胱術
肌層浸潤性膀胱癌的回腸膀胱術是取一小段回腸（約15cm長）一端與兩側輸尿管相吻合，另一端在右下腹做造口，將尿液引流出體外。這種手術方式相對比較簡單，且術後併發症少，但需要在腹壁上貼一個造口袋，而且該造口袋需要定期更換。
原位新膀胱術
該方法可以選擇回腸或者結腸來做一個新的膀胱，放在原來膀胱的位置。這個手術較複雜，術後併發症相對較多，例如尿失禁、尿道腫瘤復發、腎積水、代謝紊亂等。但這個手術保證了患者術後正位排尿的功能，也就是可以和正常患者一樣站立位排尿，這是其最大的優點。但新膀胱沒有相應的神經支配，排尿需要有腹壓的協助來完成。對於膀胱頸口或者尿道有腫瘤的患者則需要將全尿道切除，因此不適合做原位新膀胱術。