目前國際上的醫生都認為子宮內膜異位症症狀是由多種病因綜合引起的，例如漿膜上皮、化生內膜、免疫防禦功能缺陷、傳與體質的因素、內分泌功能失調等。
組織上有內膜的腺體，在功能上隨著雌激素水準而變化，隨月經週期變化，會導致少量月經的現象。異位症還伴隨不排卵，機制與患者卵泡細胞LH體有相應的關係，子宮內膜定期病理檢查黃體期缺陷，發生率據報導為25%-40%，黃體功能不全可降低受孕率，還會增加自然流產的幾率。
內分泌失調不能排卵；但是這兩種原因都無法解釋患者不育的問題。因為患有此疾病的患者月經是有規律的，並且排卵正常，輸卵管通暢。