食管癌賁門癌手術時間一般較長，病人年齡往往較大，有時合併呼吸系統和心血管系統疾病，同時由於食管本身的解剖與生理特點，均導致較為危重的併發症。
肺部併發症
食管癌賁門癌手術中在游離食管和清掃縱隔、肺門淋巴結時，使支氣管、肺門及肺組織本身受到不同的手術創傷，術中長時間的術側肺的壓迫，均可使術側肺廣泛的微小肺不張及支氣管分泌物增多，同時切開膈肌時膈神經在膈肌的分支會受到不同程度的手術創傷而造成膈肌的部分麻痹，使病人有效的咳嗽功能減弱，術後懼怕切口因咳嗽而疼痛以及術後胸腔胃的擴張，均增加了肺部併發症的發生機會。
最常見的肺部併發症為肺炎、肺不張、肺膿腫及呼吸衰竭。因此術後要早期鼓勵病人咳嗽排痰，對呼吸道分泌物較多的病人選擇有效的抗生素，給予祛痰霧化吸入等治療，對體質差的病人，要加強營養，還要重視恢復中後期的管理。
心血管併發症
食管癌賁門癌術後最常見的心血管併發症是心律失常。其中最常見的心律失常有竇性心動過速、期前收縮、心房纖顫及心房撲動。食管癌賁門癌術後一旦發生心血管併發症死亡率較高。分析原因可歸納為以下幾方面。
（1）老年病人術前既有高血壓冠心病史，在術中和術後一些病理因素作用下容易發生心血管併發症。（2）術中術後的缺氧，包括胸腔的積液、積氣和肺部併發症導致的低氧血症。（3）術後疼痛和高齡病人的心肺代償能力差。（4）年老體弱病人，術後早期一直臥床不起，數天后突然起床後出現的體位性休克或急性的肺動脈栓塞導致心衰，類現象值得注意，要加強體弱病人的營養支持，在術後要鼓勵並協助病人活動四肢尤其雙下肢，病情允許下動員病人早期下床活動，對預防下肢深靜脈血栓形成、肺動脈栓塞、體位性休克都有一定意義。
吻合口漏
吻合口漏是食管癌賁門癌術後最嚴重的併發症之一，其發生率平均約為百分之五，常在術後第4～6天發生。一旦發生死亡率一半左右。吻合口漏的處理多採取保守治療，近年來使用食管胃吻合器，吻合口漏的發生率平均在百分之五以下。