它造成不孕的機率是很高的，如果同時存在有盆腔疼痛等症狀時，不孕的機率會增大到70%到80%。
其造成不孕的原因也很多，但主要的比較常見的原因有兩個：
一、子宮內膜異位症本身會造成生殖系統的粘連，粘連可以使輸卵管以及子宮的位置發生異常，從而致使很難懷孕。
二、子宮內膜異位症本身就是一種可以影響甚至改變卵巢功能的疾病，使得子宮內膜異位症的人沒有正常的排卵，排卵不好當然生育就有問題。所以說這是兩個引起女性不孕的最主要的原因。對於此病引起的不孕，最重要的是在確切查明原因的前提下進行針對性的治療。目前臨床上對因子宮內膜異位症造成的不孕，其治療效果是可以放心的，經過規範的治療後，絕大多數人都可以懷孕。因子宮內膜異位症導致不孕的女性，在規範治療後，其懷孕的機率可以在85%以上。