1 盆腔廣泛粘連：流落到盆腔裡的子宮內膜隨月經週期反復出血、吸收，所以，慢性炎症通常長期存在於盆腔內。久而久之，盆腔就會出現廣泛粘連，大大增加了盆腔內臟器的患病機會。
2 宮外孕：子宮內膜在盆腔內的廣泛種植導致子宮後傾固定，而子宮後傾本身就減少了受孕的機會；而出逃的子宮內膜如果流落到輸卵管上，就會造成輸卵管的僵硬和粘 連，形成運輸受精卵的障礙，受精卵如果不能順利到達子宮內著床，就只好在輸卵管裡安家，這在客觀上增加了異位妊娠（宮外孕）的幾率。
3 盆腔感染：由於流落到盆腔裡的子宮內膜也會隨著月經週期有出血現象，這就給病原微生物的滋生創造了條件，因此更容易形成持續性的盆腔炎症。
4 不孕症：不能懷孕恐怕是子宮內膜異位症所能導致的最嚴重問題，不孕症的發生與子宮內膜異位症引起的盆腔粘連、盆腔結構改變等有直接的關係。對於另外一部分人 來說，體內的性激素水準也可能因子宮內膜異位症而產生異常。這些都是導致不孕的原因所在。國外的研究也認為子宮內膜異位症本身就影響生育力。