卵巢癌病理組織學分類在臨床上主要有以下幾種。
1、生髮上皮腫瘤
生髮上皮腫瘤約占卵巢腫瘤的2/3，一般來自卵巢表面的生髮上皮。生髮上皮是覆蓋在卵巢表面的粘膜，它有多功能分化的潛能，故可形成漿液性腫瘤、粘液性腫瘤和宮內膜樣腫瘤。
2、性索-間質腫瘤
性索-間質腫瘤占卵巢腫瘤的6%。大多為功能性，向卵巢型細胞分化的有顆粒細胞、卵泡膜細胞；向睾丸型細胞分化的有支援細胞、間質細胞。該類腫瘤較為複雜，各種細胞可單獨組成相應的腫瘤，卵巢型或睾丸型的兩種細胞可出現在同一腫瘤內，可見四種細胞類型同時在腫瘤上。
3、類固醇細胞腫瘤
類固醇細胞腫瘤也稱脂質細胞瘤由類似于黃體細胞、間質細胞、腎上腺上皮質細胞的圓形或多邊形細胞組成的腫瘤。由於約占40%腫瘤細胞內不含豐富的脂質，故又稱類固醇細胞腫瘤。
4、生殖細胞腫瘤
生殖細胞腫瘤比較常見。一般生髮上皮腫瘤多見，惡性者高達15%左右。生殖細胞腫瘤可見於任何年齡，但年輕婦女較多常見見，大約60%的卵巢腫瘤為生殖細胞來源，其中1/3為惡性。
5、纖維瘤是最常見的間葉來源的腫瘤，其次是平滑肌瘤、血管瘤，比較少見的是神經源性腫瘤、脂肪瘤、淋巴管瘤、軟骨瘤、骨瘤等等。
6、轉移性腫瘤
卵巢是惡性腫瘤常見的轉移部位，大約有10%的卵巢腫瘤是轉移性的，最常見的是乳腺和生殖道或來自消化器官中的胃腸道的轉移癌。較為常見的是來自消化器官（胃、腸）的癌，直接浸潤、種植或經淋巴道轉移到腹膜後及腰部淋巴結，再經淋巴管道轉移到卵巢；其次是由子宮頸、宮體或輸卵管等處的癌擴散而來，有鱗癌、腺癌或絨毛膜上皮癌等；乳腺癌也可通過血行轉移到卵巢。轉移癌多為實性，且多屬雙側性，結構特點多與其原發癌一樣。