皰疹性咽炎是一種急性傳染性咽炎，好發於1~7歲小兒，夏秋季節的發病率比較高，同一患兒可多次重複發生本病，由不同類型病毒引起。可引起皰疹性咽炎的病原體主要有以下幾種。
柯薩奇病毒
柯薩奇病毒是引起皰疹性咽炎的主要致病微生物，病毒屬於RNA病毒，可根據病毒的生物學特點分為A、B兩組。A組2、4、5、6、8、10型，B組1~5型均可引起本病。由於阿昔洛韋只對DNA病毒有效，而柯薩奇病毒屬RNA病毒，因此由柯薩奇病毒感染引起的皰疹性咽炎不能用阿昔洛韋治療。
人類皰疹病毒（EB病毒）
由人類皰疹病毒感染引起的皰疹性咽炎可占到疾病總數的20%左右，患者可見咽部充血、扁桃體紅腫、有滲出物，並可有白色假膜形成。人類皰疹病毒屬於皰疹病毒科，為DNA病毒，因此用阿昔洛韋治療人類皰疹病毒感染所引起的皰疹性咽炎效果較好。
肺炎衣原體
肺炎支原體感染也可引起咽炎伴出血性皰疹，皰疹性咽炎患者中約20%是由肺炎衣原體感染引起的。
其他
腺病毒、呼吸道合胞病毒、單純皰疹病毒等也可引起皰疹性咽炎，但數量比較少。