中醫基礎理論的研究路徑很多，但總得來說不外理論研究、臨床總結、實驗研究三種路徑，其中每一種路徑中都包含著多學科研究的思想與方法。
理論研究，一方面是以古代文獻為基礎，可以從發生演變規律、概念體系結構、思維方法體系、病證論治用藥規律、中醫理論的詮釋與創新以及中醫經典中科學問題的梳理等六個方面加以研究。這一研究路徑存在著中醫基礎理論研究的可持續性以及理論、技術、實踐的迴圈加速機制難以形成兩個方面的問題。另一方面，理論研究也應包含以中醫理論現代研究文獻為基礎梳理、總結、挖掘研究。這一研究路徑存在的問題是中醫理論現代研究以“點”為主，“面”上的整體研究較少，加之資料的失真，挖掘方法以及相關人才的缺乏，難以整合集成。
臨床研究是中醫基礎理論形成的重要途徑，古代中醫理論形成如此，即使現代中風病“毒損腦絡”理論的提出，也是以臨床對中風病的治療實踐為基礎的。但面對現代疾病譜以及人類健康需求的變化，中醫臨床環境的巨大變革，臨床陣地縮小，中西結合治療方法的普遍使用，加之部分中醫臨床資料的失真，使從臨床實踐經驗總結提煉中醫理論的途徑也遇到了前所未有的障礙。
實驗研究是當代理論研究的主要方法，也是理論發展的加速器。如果不借用實驗方法，則中醫學的發展只能步履維艱地爬行於經驗積累之途中，不可能獲得快速發展的機制，更不用說超越發展。但以整體論“象”思維為基礎建構的中醫理論，與以西方還原論為指導思想形成的實驗研究之間，具有一定的不可通約性，如何消除二者之間的屏障而實現融通，至今還是尚待破解的難題，其中關鍵是如何準確地提煉中醫理論中的科學問題，並進行科學的實驗設計。