《內經》的各個篇章中都蘊含了豐富的病機理論，《內經》以邪正盛衰、陰陽失調、升降失調闡釋病變的基本機理，提出了著名的“邪氣盛則實，精氣奪則虛”以及“百病皆生於氣”的學術論斷。《素問·至真要大論》是《內經》中唯一明確提出“病機”的篇章，該篇中對臨床常見症狀的病機進行了歸納和總結，其中 “審察病機，無失氣宜……謹守病機，各司其屬，有者求之，無者求之，盛者責之，虛者責之”，則明確指出了《內經》分析病機的方法。
謹守病機 各司其屬
分析病機，首先要做到“謹守病機，各司其屬”，找尋主病之因。而主病之因找尋的主要方法是：以疾病表現之象為物件，根據藏象理論中有關五臟、六氣的特性，運用類比的方法，進行分類歸屬、辨別判斷。探求其發生的六氣之因、五臟之位等，即找出病象與病因、病位的所屬關係。
在病因方面，《內經》用六氣加以概括，正如《素問·至真要大論》所雲：“夫百病之生也，皆生於風寒暑濕燥火，以之化之變也。”而六氣各自的特性特點又不同，所致疾病的表現也各異，因此，根據六氣的特性對疾病所表現出來的症狀進行分析，就可以探求病變發生的原因，從而指導治療。如火性炎上，有上沖之勢，故病象若見有逆而沖上之象的則認為大多是火盛之因，如嘔吐、呃逆、噦、咳喘、氣上沖胸等，病機十九條以“諸逆沖上，皆屬於火”概之。當然，這裡的六氣既指外邪，也包括內在機體失調所導致的病理變化，病變是外邪所致，還是內生六氣所為，還需細辨。
在病位方面，《內經》認為五臟是人體臟腑組織器官的總概括，而五臟又分屬五行，各有其特殊的功能特點，故雖然病變之象千差萬別，但總能根據五臟之性來分別歸屬判斷，確定五臟之病位，進而治療。如腎位居北方，五行屬水，其性為寒，而寒又主收引、凝斂，故病變之象見有軀體蜷縮、肢體不伸、關節拘攣者，大多歸屬於腎，正所謂病機十九條中的“諸寒收引，皆屬於腎”。當然，這裡的五臟指的是五臟系統，包括各自所主的腑、體、竅、華、經脈等，各自的功能所主也不單一，判斷某髒的哪個系統層次、哪方面功能異常，還需根據具體的病變表現加以分析。
《內經》這一分析病因、病位的方法，實為後世病因辨證、五臟辨證的雛形，也為中醫學辨證論治的形成奠定了基礎。
有者求之 無者求之
“有者”、“無者”歷代注家大致有四種解釋：一是症狀的有無；二是氣候有無寒熱溫涼燥的變化；三是“有者”為實，“無者”為虛；四是“有”指經文中已經有明確論述的，“無”指經文中未述及的。綜合原文語境及臨床實踐考察，第一種解釋較為合理。
“有者求之，無者求之”意為有此症狀或無此症狀的，均要求探求其所以然，並對臨床出現的症狀，同中求異、異中求同，明確真相，明確病機。其中，這裡的第一個要求是對某種病象是否出現必須準確判斷，即到底是“有”還是“無”，不能模棱兩可，因為病象是否有無是進行病因、病位分析的前提。若舌、脈判斷不准，四診又失全面，則真相不明，難以辨證。其次，要對出現的病象探求其出現的原因，其所用的方法是辨別異同。同一病證，可具有不同的病機，即所謂“證同機異”。如病機十九條中的“掉眩”、“收引”、“暴強直”、“痙項強”、“轉反戾”、“瞀瘛”均指筋脈拘攣、抽搐之證，但病位卻有屬肝、屬腎之別，病因則有屬風、屬濕、屬熱、屬火之異。而“諸濕腫滿”、“諸脹腹大”、“諸病有聲，鼓之如鼓”皆有脘腹脹滿之證，但病機卻有屬脾、屬熱之異。同樣，不同的病證，其病機卻基本相同，即所謂“證異機同”。如病機十九條中的“瞀瘛”、“禁鼓栗”、“躁狂越”、“胕腫，疼酸驚駭”、“逆沖上”等證均由火邪所致，而“嘔吐酸，暴注下迫”、“轉反戾，水液渾濁”、“病有聲，鼓之如鼓”等皆由熱所為。因此，根據症狀的有無是判斷病機的關鍵，是辨證論治的前提。
盛者責之 虛者責之
“盛者責之，虛者責之”，意在強調虛實辨證，是分析病機的重要環節，也是臨床診治的重要前提。《素問·通評虛實論》雲：“邪氣盛則實，精氣奪則虛”，這裡的“邪氣”可以理解為一切致病因素，包括六淫以及滯氣、瘀血、痰飲、積食、諸蟲等。“精氣”即正氣，包括營衛、宗氣、臟腑之氣、經絡之氣以及精血、津液等在內，其中任何一種損耗，都可形成正氣的虛弱。
大家知道，疾病的發生，就是正氣與邪氣相互作用的結果，凡邪氣強盛的屬於實證，正氣虛弱的屬於虛證。但不能把“邪氣盛”和“精氣奪”割裂開來理解，因為臨床上虛實常常同時存在。從發病學角度而言，《素問·評熱病論》雲“邪之所湊，其氣必虛”，邪之所以能入侵人體，則是因為有正虛之隙可乘。而在疾病的恢復階段，可能邪氣表現得已不明顯，滯氣、瘀血、痰飲、積食等病理性產物亦不可忽視。因此，《內經》所言虛實，是建立在對正邪力量對比上的綜合判斷之上的，是對病象的主要方面的概括總結，臨床病證並無單純的實證與單純的虛證，而且虛與實也是相對的、動態變化的，並不是固定不變的。
另外，《素問·調經論》還有“血氣離居，一實一虛”之說，其主要著眼點在於經脈中氣血的輸布失調，氣血所並之處為實，氣血所離之處為虛，以氣血有無為評判標準，這又是運用經絡理論治病的各種療法，如針刺、艾灸、按摩等的理論基礎。疾病的主要矛盾方面，我們一旦判定並給予解決，則疾病問題亦可迎刃而解，因此，判斷虛實是分析病機的重要方法，後世八綱辨證中專有“虛實辨證”，也是以說明它的重要性。
審察病機 無失氣宜
氣宜，指六氣的循序主時；無失氣宜，即要求我們審察、分析病機要從六氣主時出發，而治療時亦不要違背六氣主時的規律，是中醫診治因時觀點的反映，也是重視“人與天地相參”的整體觀念的體現。這裡的六氣主時，從某種角度而言也可理解為季節變化，而《內經》認為季節氣候變化對人體疾病的影響甚大。
首先，季節氣候變化是自然界陰陽消長的結果，而陰陽消長直接影響著疾病的發生發展，正如《素問·陰陽應象大論》所雲：陽盛病“能冬不能夏”，陰盛病“能夏不能冬”。
其次，各季節、各主氣之時有自己的主氣，若淫盛太過，則可見季節多發病，或伏而至下一季節發病；若主氣不及，則可見他氣或乘或侮而發病。
再次，五臟與各季節存在著通應關係，故季節的變化，也對各臟腑病變產生著重大影響，如《靈樞·順氣一日分為四時》說：“以髒氣之所不勝時者甚，以其所勝時者起也”。《素問·髒氣法時論》雲：“夫邪氣之客於身也，以勝相加，至其所生而愈，至其所不勝而甚，至於所生而持，自得其位而起”。
現代研究也表明，各種氣象因素，包括氣溫、氣壓、濕度、風速等對人體的病理過程均會產生一定的影響。如“冷鋒”、“低氣壓”等氣候狀況可以促使心絞痛病證的惡化，“高濕度”氣候可引起心肌梗死的發作，“氣壓降低伴高濕”天氣可導致多發性關節炎的復發，“不穩定冷空氣及逆溫層”氣候可加重支氣管哮喘的發作， “濕熱”氣候可加重胃潰瘍的發病等。
正是由於季節氣候變化對疾病有重要影響，所以作為分析病機的方法，《內經》提出“無失氣宜”，則應引起我們的高度重視。