儒家之“中庸”思想
中庸又稱“中和”、“中道”、“用中”、“時中”等，關於中庸的本義，朱熹解釋說：“子程子曰：不偏之謂中，不易之謂庸。中者天下之正道，庸者天下之定理。”“中庸者，不偏不倚，無過不及，而平常之理，乃天命所當然，精微之極致也。”可見，中庸思想的基本實質是“執兩用中”，就是凡事都追求不偏不倚，無過不及的中和狀態。“中庸”作為儒家文化中的一個重要概念，其“中和”的思想為《內經》所吸收，在構建中醫生理、病理、診斷、治則、養生等基礎理論時都有中庸思想的具體體現。
生病起於過用：《素問·經脈別論》：“春秋冬夏，四時陰陽，生病起於過用，此為常也。”所謂“過用”即指超越常度，“過用”致病可作為《內經》發病理論的普遍規律；情志太過：《靈樞·口問》說：“大驚卒恐，則血氣分離，陰陽破敗，經絡厥絕，脈道不通，陰陽相逆，衛氣稽留，經絡虛空，血氣不次，乃失其常。”指出七情太過是人體重要的致病因素之一；飲食不節：《素問·痹論》雲：“飲食自倍，腸胃乃傷”，指出飲食過量可損傷胃腸，此處是宏觀的論述。《素問·至真要大論》則具體描述了五味太過，造成人體發病的機制，雲：“夫五味入胃，各歸所喜……久而增氣，物化之常也；氣增而久，夭之由也。”飲食五味能化生陰精，入五臟以養五臟之氣，但如果五味偏嗜，又能損傷五臟，故《素問·生氣通天論》雲：“陰之所生，本在五味；陰之五宮，傷在五味。是故味過於酸，肝氣以津，脾氣乃絕；味過於咸，大骨氣勞，短肌，心氣抑……”提出偏食某味過久，可使五臟之氣偏勝偏衰而發病的病機理論。
勞倦太過：《素問·調經論》說：“有所勞倦，形氣衰少。”《素問·舉痛淪》雲：“勞則喘息汗出，外內皆越，故氣耗矣。”《素問·宣明五氣》曰：“五勞所傷：久視傷血，久臥傷氣，久坐傷肉，久立傷骨，久行傷筋，是謂五勞所傷。”這裡所說的勞倦、勞、五勞均為過度運動，與“中庸”相反，故可造成正氣的損傷；運氣太過：自然界氣候變化太過也會導致人體的失衡，如《素問·氣交變大論篇》雲：“歲木太過，風氣流行，脾土受邪。民病饗泄，食減，體重，煩冤，腸鳴，腹支滿……歲木不及，燥乃大行……民病中清，膚脅痛，少腹痛，腸鳴，溏泄……”
可見，《內經》關於發病理論，無論外感內傷都存在“生病起於過用”的規律，這種“過則為病”的病機理論，顯然是基於儒家之“中庸”思想。
儒家之“尚權”思想
自董仲舒提出的“君權神授”觀被漢武帝接納以來，儒家始終以“窮則獨善其身，達則兼善天下”為修身養性之宗旨，將“出將入相”作為畢生的追求。儒家積極入世的價值觀，最終形成了其極力推崇皇權思想的世界觀和方法論。因此，漢代醫家在構建《內經》醫學理論的過程中，受主流意識形態的影響，有意無意地在病機理論中融入“尚權”思想。如《素問·靈蘭秘典論》的“主明則下安”，“主不明則十二官危”強調的是皇權；而“觀五臟六腑，心為之主，耳為之聽，目為之候，肺為之相，肝為之將，脾為之衛，腎為之主外”(《靈樞·五雇津液別》)，則將皇權拓展到行駛皇權職能的政府機構。在君權至上的封建王朝，社會的治亂與其行使政府職能的權力機構息息相關，古代醫家正是觀察到這一社會現象，並將其運用到醫學領域，提出人體的健康狀況與社會的治亂有相通之處，最終形成了運用封建社會的權力機構，來解釋人體病理機制的獨特醫學理論。
儒家之“重陽”觀念
儒家之“重陽”思想源自于《周易》，其最直接的表現形式是“男尊女卑”。《周易·繫辭上》雲：“天尊地卑，乾坤定矣，卑高以陳，貴賤位矣……乾道成男，坤道成女。”漢儒董仲舒在《春秋繁露·陽尊陰卑》中也提出了類似的思想，謂：“陽始出物亦始出，陽方盛物亦方盛，陽初衰物亦初衰，物隨陽而出入”，認為萬物的生長衰亡取決於陽氣的盛衰。在男耕女織的封建社會，男主外屬陽，女主內屬陰，整個社會的價值體系是以男性為主導的，所以，《論語·陽貨》中孔子曰：“唯女子與小人為難養也，近之則不遜，遠之則怨”，字裡行間表達出明顯的“重男輕女”的思想。由此，儒家在強調“中庸”，主張陰陽平衡的同時，又強調陽重于陰。《內經》顯然接納了儒家的“重陽”觀念，也是在強調陰陽平衡的同時，又強調陽氣的重要性，《素問·百病始生》篇雲：“凡陰陽之要，陽秘乃固。”“陽氣者，若天與日，失其所則折壽而不彰；故天運當以日光明。是故陽因而上，衛外者也。”認為陽氣在人體整個生命活動中起著至關重要的作用，指出機體陰陽的平衡在一定程度上取決於陽，即陽秘乃固。陽密則邪不外淫，精不內亡；陽病則折壽而不彰。
儒家之“重土”思想
維護江山社稷的穩定是歷代封建王朝至高無上的追求，而土地則是體現江山社稷最直接的載體，受皇權至上思想的薰陶，儒家始終將保衛土地視為己任，在國家領土受到威脅時，總是不乏仁人志士挺身而出，或橫刀立馬，馳騁疆場；或寄哀思於歌賦，或發宏願于文章。《內經》在論述臟腑生理功能時，將脾胃比喻為土，總是反復強調脾胃的重要性，如：“胃者五臟之本也”（《素問·玉機真髒論》）“陽明者，五臟六腑之海”（《素問·痿論》），“五臟六腑皆稟氣於胃”（《靈樞·五味》），“胃者，太倉也”（《靈樞·脹論》）等等。正是基於這種重“胃土”的思想，《內經》在病機理論中，也提出了大量強調脾胃重要性的病機學說。如：“有胃氣則生，無胃氣則亡”，指出胃氣的存亡是疾病演變過程中，決定預後吉凶的關鍵。《素問·平人氣象論》謂：“平人之常氣稟於胃。人無胃氣曰逆，逆者死”。又曰：“人以水穀為本，故人絕水谷則死，脈無胃氣亦死”，說明胃氣是奉養生身之源泉，是決定患者生死的主要因素。《靈樞·本神》之“脾氣虛則四肢不用，五臟不安”，則強調了脾臟的重要性。《素問·玉機真藏論》曰：“漿粥入胃，泄注止，則虛者活”，以危重病人飲漿粥，腹瀉下注停止來表達胃氣尚存的病理狀態，說明雖有五臟之虛，只要胃氣不衰就有生還之機，也是強調胃土的重要性，這些病機理論與儒家之重土思想一脈相承。