《本經疏證》一書中對枳實與厚朴的異同作了清楚的鑒別，為研究《傷寒雜病論》和臨床用藥提供了借鑒。
枳實向下 厚朴向表
《傷寒雜病論》中用枳實之方十七，用厚朴之方十四，枳、樸聯用者八方，八方之中與大黃同用者六，不與大黃同用者僅二方，即枳實薤白桂枝湯、梔子厚朴湯。兩方中皆枳、樸聯用，何以方名僅標其中一藥？他分析說：枳實薤白桂枝湯，“一由裡氣壅逆，故‘心中痞，留氣結在胸，胸滿，脅下逆搶心’，乃氣欲下歸而不得，故方名但出枳實，不出厚樸，以枳實之性原向下也。”而梔子厚朴湯證，“一由表邪方熾而誤下，故‘心腹煩滿，臥起不安’，乃卻欲出表而不得，故方名但出厚樸，不出枳實，以厚朴之性原向表也”。于此可見，枳、樸之性趨向有差異，一趨於向下，一趨於向表，而仲景對於經方方劑之命名並非無意。
枳樸之別 在一橫一直
從經方中枳實、厚樸與他藥的配伍，也可看出二藥之藥性有較大的差異，即枳實無橫出之權，性原向下，一般不配麻黃而配柴胡，欲其通中泄裡（如大柴胡湯、四逆湯）；而厚朴之性原向表，無直達之技，故一般不配柴胡而配麻黃，欲其橫出開表（如厚朴麻黃湯）。但二藥皆可配桂枝，以下氣散飲（如桂枝厚朴杏仁湯、桂枝生薑枳實湯），說明二藥異中有同。再如仲景書中，二藥之不相聯者，則與表藥相配者較多（如枳實梔子豉湯、橘枳生薑湯、桂枝生薑枳實湯等），與裡藥相連者較少，不甚與補劑並用。有之，則僅枳術湯與厚樸生薑甘草半夏人參湯。若比較此二方證，可見枳術湯證屬中虛，有形（心下堅，大如磐），病程稍久（日積月累），虛中有實，縱用補中而不重（枳實七枚，白術只用一兩），且此方藥必少煎，使其氣銳，是用枳實隨根故而泄其堅；厚朴生薑甘草半夏人參湯證，亦屬中虛，但無形，外脹滿，縱重用泄滿化飲，但方藥必久煎，使之氣淳而力優柔，是用厚樸隨橫溢以泄其滿。這說明“一橫一直之用，即枳、樸至理之所在矣”。
枳實首功主風疹瘙癢
關於枳實首功“主大風在皮膚中如麻豆苦癢”的問題，一般的中醫藥教科書上都沒有講解，“試思風本流動之邪，皮膚中又營衛所在，為環周不休之處，兩動相合，猶能為如麻、如豆之形而不散，此非寒熱結而何？夫形諸外必有諸內，皮膚中者，正肌肉之間，胃脾所主也。脾胃本有寒熱，相結肌肉間，氣自不能流轉，風複襲之，於是內外相引，表裡相通，屈伸進退，雖如麻如豆，而或起或伏，正以其根於內也。撥其根，枝葉又焉所附？治裡之物，偏有此解表之能，不推之首功可乎？！”故筆者在臨床上凡遇皮膚瘙癢症之有類似症狀者，常在處方中加枳實或枳殼，效佳。
通過對大承氣湯、小承氣湯、厚朴三物湯、厚朴七物湯和厚朴大黃湯等方證的分析，認為“是枳、樸明為脹滿設矣”。但其中枳實重在泄滿，厚樸重在消脹，且表證多者厚樸多，表證少者厚樸少。
總之，鄒氏在《本經疏證》中明確地將枳、樸合併在一篇中論述，以比較二者的異同。他認為，雖然據《本經》、《別錄》之記載，二藥皆味苦，能療脹滿，益氣，止利，消痰（或除痰癖），下氣（或治逆氣），這是其共同點；然而二物之用，厚朴偏於外，枳實偏於內；厚樸兼能治虛，枳實惟能治實；厚樸始終在氣分，枳實卻能兼入血分；厚樸利氣，利氣之著於外者也，枳實利氣，利氣之懸於中者也；厚朴除滿，是除脹滿，枳實除滿，是除堅滿；枳實除滿而且除痛，厚朴除滿而不治痛；枳實不可誤施於寒濕，而厚樸卻可從治於燥熱之結者。
以上鑒別如此清晰，可謂真知枳實與厚樸矣。