口腔潰瘍的發生是多種因素綜合作用的結果，其包括局部創傷、精神緊張、食物、藥物、營養不良、激素水準改變及維生素或微量元素缺乏。系統性疾病、遺傳、免疫及微生物在口腔潰瘍的發生、發展中可能起重要作用。如缺乏微量元素鋅、鐵，缺乏葉酸、維生素B12以及營養不良等，可降低免疫功能，增加口腔潰瘍發病的可能性；血鏈球菌及幽門螺桿菌等細菌也與口腔潰瘍關係密切。
口腔潰瘍通常預示著機體可能有潛在系統性疾病，口腔潰瘍與胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍性結腸炎、局限性腸炎、肝炎、女性經期、維生素B族吸收障礙症、植物神經功能紊亂症等均有關。
很多人都深受口腔潰瘍的困擾，偶爾患上口腔潰瘍是很常見的現象，但是有一些人經常得口腔潰瘍，這是怎麼回事呢？
經常得口腔潰瘍主要有以下原因：
原因一、內分泌變化
有些女性患者往往在月經期發生，因此口腔潰瘍的病因可能與體內雌激素量下降有關。臨床研究發現，月經期出現口腔潰瘍主要是由於體內黃體酮水準增高而雌激素（孕酮等）的水準降低所致。
原因二、消化系統疾病及功能紊亂
這也是常見的口腔潰瘍的病因。患系統性疾病的患者易發生口腔潰瘍，主要是通過影響免疫系統而致病。研究表明：30%-48%的口腔潰瘍患者有消化道疾病，如腹脹、腹瀉或便秘等情況。其中9%以上有消化道潰瘍。
原因三、精神因素
精神因素是重要的口腔潰瘍的病因。有的患者在精神緊張、情緒波動、睡眠狀況不佳的情況下發病，可能與植物神經功能失調有關。