乙肝病毒耐藥情況一旦發生，原本有效的抗病毒藥物的抑制病毒複製能力就會大大降低，治療期間積極進行監測是預防乙肝病毒耐藥的重要措施。
1、治療前檢查項目：乙肝患者治療前應進行檢查確定肝臟損害程度，主要專案包括肝穿刺、腹部超聲檢查、血清AFP的檢測、肝臟生化、血常規、HBV血清學（HBeAg，anti-HBe）和HBV DNA定量檢測。
2、治療中檢查項目：乙肝患者進行治療期間應每1~2個月檢測肝臟生化，每3~4個月進行HBV DNA定量檢測，每6個月檢測HBeAg、anti-HBe及血常規，每6~12個月進行腹部超聲檢查、血清AFP的檢測，以觀察抗病毒藥物療效。
3、疑有耐藥株發生時檢查項目：當疑似出現耐藥株時，首先要排除由於依從性不好所致的療效欠佳或無效，再行肝臟生化、HBV DNA定量檢測、HBeAg檢測、anti-HBe檢測等，如有可能是基因型耐藥，應進行測序及線狀探針測定。
Tips：基因型耐藥與表型耐藥的區別
基因型耐藥指是指病毒聚合酶基因突變，形成新的病毒基因序列，患者HBV DNA水準103 ~ 106copies/ml，ALT水準正常，而表型耐藥是指在治療期間病毒水準上升，患者HBV DNA水準>106copies/ml，伴有ALT水準升高。