大量循證醫學證據顯示，乙肝病毒載量是乙肝病毒感染者發生肝硬化、肝癌的獨立預測因素，不管乙肝表面抗原陽性或陰性，不管穀丙轉氨酶正常與否，乙肝病毒 DNA越高，患者肝癌或肝硬化的發生危險就越大。因此乙肝患者的抗病毒治療至關重要。慢性乙肝的治療目的是通過抗病毒治療，持續抑制或清除病毒，控制肝臟纖維化及炎性改變，阻止或延緩肝硬化、肝癌等進程，以提高患者生活品質、延長生存期。
持久的抗病毒治療
目前現有的抗病毒治療方法或藥物還未能使慢性乙肝患者體內的乙肝病毒徹底清除，因此乙肝的抗病毒治療時一個長期的過程，醫生和患者都應該意識到抗病毒治療的長期性、艱巨性。制定可行的治療方案，堅持治療。
關注抗病毒藥物耐藥性
強效與持久的病毒抑制是乙肝患者肝臟組織學改善的重要前提。應用核苷類藥物進行抗病毒治療，短期內病毒的下降之後均能觀察到組織學的改變，包括炎症和纖維化。但是經過更加長期的治療，很容易發生耐藥性。耐藥情況一旦發生，如不及時處理，不僅抵消了以往抗病毒受益，而且會誘發患者病情的惡化。所以乙肝抗病毒治療過程中應重視耐藥的預防和管理，對一些耐藥發生率較高的藥物通過優化策略降低耐藥的發生，提高療效。