乙肝患者的自身免疫狀況是影響乙肝患者預後的重要因素，當人體免疫功能低下，病毒得不到徹底清除，肝細胞不斷地受到一定程度的損害，則表現為慢性遷延性肝炎，一般預後較好，但可能發展為慢性活動性肝炎，則預後不良。
乙肝患者免疫功能低下，抗體形成不足，不能有效地中和迴圈中的乙肝病毒，細胞毒性T細胞不能徹底消滅和消除肝細胞內的乙肝病毒，還由於抑制性T細胞功能也低，無法阻止乙肝病毒和肝細胞膜結合產生肝細胞膜特異性抗體，導致肝細胞持續受損；另外大量抗原抗體複合物的形成，使肝細胞和其他器官、臟器遭受更為嚴重、更為持久的損害，則表現為慢性活動性肝炎。慢性活動性肝炎往往可以發展為肝硬化、肝癌，預後較差。
乙肝患者免疫功能嚴重失調，初期特異性細胞免疫反應增強，對大量入侵的乙肝病毒和感染的肝細胞發生強烈的免疫反應，造成大量肝細胞壞死。隨之細胞免疫功能衰竭，非特異性免疫反應降低；T、B細胞免疫功能失調、血清抑制因數、中分子物質的聚集，內毒素血症和微循環障礙等多因素的交叉系統作用，導致肝臟大塊壞死、萎縮，乙肝患者表現出血、昏迷，即發展成為重症肝炎，死亡率較高，預後較差。
乙肝患者免疫功能發生耐受或麻痹，雖肝細胞裡有乙肝病毒在複製，而機體卻缺乏有效的免疫反應，肝細胞沒有或僅有輕度損傷，則表現為慢性無症狀的帶毒者，一般預後尚可。