紅斑狼瘡的病因尚不完全清楚，已經發現的因素有：
遺傳因素：是紅斑狼瘡發病的重要因素。據統計，在有紅斑狼瘡家族史的人群中，其發病率可高達5%～12%。具有紅斑狼瘡遺傳基因的人，一旦遇到某些環境中的誘發條件，就會發病。
感染因素：系統性紅斑狼瘡的發病與持續而緩慢地感染某些病毒有關。
內分泌因素：雌激素可影響紅斑狼瘡的發病。紅斑狼瘡多發于育齡婦女，但在兒童和老年患者中性別比例幾乎相同。男性睾丸發育不全者常發生紅斑狼瘡。另外，所有患紅斑狼瘡者，均有雌激素增高的現象。
環境因素：環境因素可直接誘發紅斑狼瘡，包括物理因素。在化學因素中，一些藥物如甲基多巴、苯妥英鈉、青黴胺、奎尼丁、普萘洛爾其他因素：在日常生活中，例如飲食不當，吃了蝦、蟹、韭菜、芹菜、蘑菇、無花果和一些豆莢類植物等，又如住進新裝修的房屋，染髮等都可以誘發紅狼瘡。