臨床上可以影響兒童系統性紅斑狼瘡預後的因素可包括如下幾個方面：
1、診斷
能否早期診斷是影響兒童系統性紅斑狼瘡預後的關鍵因素。早期診斷是早期治療的前提，如能及時有效地控制病情，則會避免患兒的全身重要臟器嚴重受損甚至功能下降，否則無論治療措施多麼有力也無法挽回。
2、治療
早期準確合理的治療影響其預後的重要因素，包括正確地選用激素，合理的給藥時間、劑量及療程。其中免疫抑制劑的應用大大改善了狼瘡的預後，特別是對狼瘡腎炎有極大的影響。
3、腎臟損害
腎功能衰竭是狼瘡死亡的第二大原因，因此是否出現腎臟損害，也是影響兒童系統性紅斑狼瘡預後的重要因素。患兒在治療過程中密切關注是否有大量蛋白尿，腎功能及早腎活檢明確病理改變，從而選用合理的治療方案。
4、多系統損害
如出現肺動脈高壓、肺纖維化、腦病、心功能受累等多系統損害，則意味著系統性紅斑狼瘡患兒的預後不好。
5、併發症
能否積極有效的控制狼瘡併發症也是影響患兒預後的因素之一。例如狼瘡患者最常見的併發症--感染，如何及時有效的控制感染，也可以影響狼瘡的預後。