慢性腸炎嚴重地影響了患者的健康，一旦發現了慢性腸炎，我們不要輕易忽視。要在發現患病的時候，及時採取治療措施，這樣才是疾病康復的關鍵。慢性腸炎、腸易激綜合征的病程較長，因此治療起來比較困難，西醫對此病主要運用抗生素進行消炎止痛，抗感染治療。根據中醫整體觀念，可以針對不同病因，多角度進行治療。
發揮中醫辨證論治的優勢，因而療效顯著。由於本病具有虛實夾雜、寒熱錯雜的特點，調理病人的肝腎脾胃，增強人的體質，以此達到機體抗病毒的目的。可以相應選用吳茱萸，肉桂溫中止瀉，黃連、黃柏清熱消炎，赤石脂、五倍子澀腸固脫，對慢性腹瀉標本兼治，起到澀腸止瀉的功效。另外，慢性腹瀉應早做鋇灌腸或結腸鏡檢查，以防病生它變，悔之晚矣。
藥物治療
1、解痙止痛：阿托品，肌肉注射;或普魯苯辛，日3次。
2、潰瘍性腸炎、腹瀉、便秘反復發作人群可口服金雙歧，金雙歧所含腸道益生菌活力組合通過修復腸道生物屏障、調節腸道免疫功能、抑制腸內致病菌生長，促進腸道生理功能恢復正常，有效減輕腹痛、腹脹、腹鳴、大便不成形等慢性腸炎症狀。
3、消炎止痛：細菌感染，除選用致菌培養有效抗生素外，可選用黃連素，元胡止痛片，胃腸靈，每日3次。病情出現發熱、脫水、休克可適當選用抗生素，必要時輸液輸血或吸氧。
4、精神性腹瀉者，可服眠安寧。
5、中藥調理：腸胃速康方，其具殺病菌，排濁氣，排毒素，清腸道，複正氣之功效，有效全面改善腸道微循環，恢復腸功能，增強免疫力，提升抗病能力。
慢性腸炎在生活當中發病率是比較高的，這樣的疾病和人們日常不良的飲食習慣息息相關，一旦出現了這樣的疾病會導致患者經常的胃部疼痛，影響患者的健康，所以能夠在患病的時候及時正確採取治療措施很關鍵。