肛瘺的發生，絕大多數來源於肛門周圍膿腫，而肛周膿腫的來源則有多方面的原因，因此，根據臨床中的情況，我們認為預防肛瘺應注意以下幾個方面：
①飲食要潔淨：不潔飲食，可導致腹瀉，極易造成肛門腺感染，引起肛瘺。
②定時排便：要養成定時排便的好習慣，防止大便幹結，損傷肛管皮膚，造成感染。
③要保持肛門清潔：養成便後洗淨局部或每日早晚清洗肛門的習慣，保持肛門清潔。
④檢查輕柔：在肛門常規檢查時，要輕柔，切忌暴力，以免損傷肛門。同時，大便幹結需作灌腸時，也應注意，不要造成肛門損傷。
⑤極早治療全身疾病：如糖尿病等患者，應儘早治療全身疾病，才能控制由此而帶來或加重的肛門感染。