由於克羅恩病惡性程度較高，且極難治癒。使得克羅恩病能活多久成為了患者常有的疑問。克羅恩病雖然可以治療，但是常有反復，不易根治。由於病因不明，尚無根本的治癒方法。克羅恩病的復發率與病變範圍、病症侵襲的強弱等等因素有關係，死亡率還比較高。
雖然已經確診的克羅恩病的自發性緩解或通過內科治療可長期無症狀，但它很少被治癒，相反具有週期性惡化的特徵。如果未實行手術，病變不會超出其第一次診斷時的初始分佈而向小腸新的部位擴展。經過明智的內科治療以及適當的外科治療，大多數克羅恩病患者能很好地活動和成功地適應生活。疾病相關的死亡率很低，而且持續下降。
胃腸道腫瘤，包括結腸和小腸腫瘤，是引起克羅恩病相關性死亡的最主要的原因。長期患小腸克羅恩病的患者發生小腸癌的危險性增高，這種腸癌可發生於病變連續的腸道，也可發生于旁路腸袢。而且，結腸克羅恩病患者有發生結腸直腸癌的長期危險性;若病變範圍和病程相同，其發生結腸直腸癌的危險性與潰瘍性結腸炎相同。
約70%克羅恩病患者最終需行手術治療。而且，即使切除所有臨床上明顯的病損，克羅恩病還可能復發。