克羅恩病病病人準備懷孕時，最好選擇在克羅恩病的緩解期。與藥物的副作用相比，克羅恩病的影響更大。所以，為了維持緩解，必要的藥物還是可以使用的。
如何掌握各種治療克羅恩病的藥物對孕婦和胎兒的影響呢?美國食品藥物安全局將所有藥物對生育的影響分為A、B、C、D和X五個等級。AB級相對安全，CD級是對懷孕有影響，而X級是絕對禁用的。
A級藥物：經過實驗而且證實對懷孕的前三個月均為安全的藥物。
B級藥物：在懷孕期用過，沒有顯示出引起發育缺陷或其它問題。
C級藥物：有警示，可能引起胎兒或孕婦的問題。
D級藥物：明顯對健康有害，但效果大於風險。
X級藥物：可引起生育缺陷，明確不能用於懷孕期。
如想懷孕生生孩子，肯定不能使用X級藥物。C級和D級要極為小心使用。後面表分別列出了治療克羅恩病常用藥物的分級與近年來的研究結論。需要注意的是，自2008年3月以來，FDA對新出現的藥物不再使用這一分級系統。可能會有更詳細的資訊出臺。目前，臨床醫生們仍沿用這一分級方案指導病人用藥。
因為生育是十分重要的個人問題，影響生育的因素有很多。準備生育的克羅恩病人應多與經治醫生甚至是產科醫生進行討論，詳細制定懷孕前用藥與懷孕期間的用藥。
目前更多的用藥指導是針對女性懷孕，其實受孕前，男性克羅恩病用藥亦需注意。準備要孩子的前三個月就不能再服用氨甲蝶呤了。因為柳氮磺吡啶會減少精子的數量，進而引起不育。因此可切換至其它5-ASA藥物。但這要與經治醫生一些討論。