感染性結石的治療目的以徹底清除結石和根治尿路感染為主，其次是糾正解剖上的畸形和代謝上的異常，抗生素和抗尿素酶藥物是目前常用的兩種藥物。
一、抗生素治療
結石患者應用抗生素的主要目的是減輕感染症狀，不可能治癒結石。雖然如此，抗生素在治療過程中仍有不可或缺的地位，手術前、後應用可有效預防圍手術期尿膿毒症，結石清除後使尿中無細菌生長；也可作為姑息治療措施阻止或減慢結石生長；術後長期使用對培養生長細菌敏感的抗生素控制感染，可預防感染性結石復發。
二、抗尿素酶藥物
乙醯異羥肟酸是臨床中應用最早的抗尿素酶藥物，能阻止尿素分解，酸化尿液和降低尿氨，
主要用於治療難治的分泌尿素酶細菌的尿路感染、感染性尿石或長期留置導尿管所引起結石。儘管如此，該藥目前仍處於試用階段，尚未有大量成功的報導，應用時仍需長期使用抗生素來共同防止尿路感染擴散。
對於患有不同程度的腎盂炎和腎炎的感染性腎結石患者來說，徹底治癒仍有較大難度，達到根治還需繼續進行臨床研究，尋求更為科學的治療方案。