動物和臨床實驗證明，自身的乙醯膽鹼受體是產生重症肌無力的自身抗原，乙醯膽鹼受體存在於：
①神經肌肉接頭的突觸後膜、部分前膜。
②神經節細胞的突觸表面和中樞神經系統的膽鹼能神經遞質傳遞的突觸後膜。
③胸腺的肌樣上皮細胞及其他細胞表面，以及部分大腸桿菌、流感桿菌的菌體表面等。
正常人體中，乙醯膽鹼受體有自然的形成、脫落和代謝的過程。這個過程亦可能產生一定的抗體，但是由於乙醯膽鹼受體脫落與新生乙醯膽鹼受體替補的平衡，機體並不發生疾病。在病毒感染的情況下，機體對乙醯膽鹼受體脫落的自身代償能力和耐受力發生了改變，使正常的生理過程過分擴大而產生疾病。病毒表面與乙醯膽鹼之間存在的共同抗原一抗病毒抗體的產生，導致交叉免疫反應。病毒感染胸腺，使胸腺中的肌樣上皮細胞及其他細胞表面的乙醯膽鹼受體致敏，產生抗乙醯膽鹼受體抗體。這幾種因素僅導致一部分人發病，其他可能是與機體的遺傳因素有關。