其實肌肉萎縮只是一種臨床表現，並不特指某種疾病。其分類可根據肌肉萎縮的發病機理、患者肌肉萎縮分佈部位以及根據導致肌肉萎縮的原發病變進行分類。
1.按發病機理分類：可分為兩類，一類是由全身營養障礙、廢用，導致內分泌異常而引起的肌肉變性，肌肉結構異常等病因產生的肌肉萎縮。另一類是由遺傳、中毒、代謝異常、感染、變態反應等引起的肌肉萎縮，此種分類臨床意義不大，因病因一時難以明確。
2.根據患者肌肉萎縮分佈部位分類：根據患者萎縮部位可分為全身彌漫性肌肉萎縮、頭面部肌肉萎縮、頭和上肢或上下肢近端肌肉萎縮、下肢遠端肌肉萎縮以及局限性肌肉萎縮。
3.根據導致肌肉萎縮的原發病變分類：根據導致肌肉萎縮的原發病變分類可分為神經原性肌肉萎縮、肌原性肌肉萎縮、廢用性肌肉萎縮。其中神經原性肌肉萎縮主要指脊髓前角細胞及末梢神經等下運動神經元的病變，屬於原發性神經原性肌肉萎縮。肌原性肌肉萎縮是指肌肉本身病變引起的，廢用性肌肉萎縮是由於全身消耗性疾病。