（1）藥物治療；主要是激素療法和中藥療法。因為異位內膜對卵巢內分泌有反應，所以採用性激素治療已成為本病的重要治療方法。性激素治療主要是抑制排卵或引起閉經，使異位內膜發生退行性變，繼而壞死、吸收。經過性激素治療後有一部分病人的症狀可緩解，也有的病人經治療後妊娠。但性激素類藥物如常有不同程度的副反應，如食欲減退、噁心、肝功能不正常等，停藥後可以消失。也有些病人長期使用後，療效不夠穩定，且停藥後容易復發。因此性激素治療應當在醫生指導下應用。目前常用的性激素有雄激素、孕激素、雌激素、丹那唑等。
中藥療法主要是運用中醫中藥活血化瘀，通絡散結，疏肝理氣、止痛之功效，起到治本的作用，如純中藥製劑“桂苓消瘤丸”是針對於子宮內膜異位症病因的用藥，尤其在緩解子宮內膜異位症所導致的進行性加重的痛經方面效果尤佳，它可以促進子宮內膜的血液迴圈，使內膜逐漸恢復正常功能，異位的子宮內膜消失，增生的組織逐漸變軟，最後消散，使病人免除了手術之苦和手術帶來的副作用。
（2）手術治療：經藥物治療無效，病變嚴重或症狀嚴重者，應考慮手術治療。手術可分為保守性、根治性和半保守性3種。保守性手術：主要是切除患側卵巢或剝除卵巢內膜異位囊腫，分離盆腔粘連，清除盆腔病灶，保留生育機能。這種手術多用於年輕和要求生育的病人。
根治性手術：包括全子宮、雙附件及盆腔病灶切除。主要用於年齡較大的近絕經期的病人。 半保守性手術；就是切除子宮或子宮病灶，切除盆腔病灶，保留一側或雙側卵巢。保守性或半保守性手術因為保留了卵巢，所以病變可能復發，甚至要再次手術。這些病人通常在保守性手術後，要用性激素治療一段時間。