治療川崎病首先採用的藥是最便宜、最常用的老藥——阿司匹林。該藥的作用一方面是消炎，另一方面是防止血小板凝集和血栓形成，預防血管堵塞。早期用量要大，後期可用小劑量。療程要長，至少服2～3個月。一般可用腸溶片以減少阿司匹林對胃腸道的刺激。若經過超聲心動圖檢查已有冠狀動脈擴張或血管瘤形成，那就要一直服藥到病變消失為止。在服阿司匹林的同時，還可根據病情需要加服雙密達莫（舊稱潘生丁）和華法令（抗凝血藥），以加強抗血小板凝集和預防血管栓塞。
治療川崎病另一種有效藥是免疫球蛋白。用量要相當大，並要連用4天，可想而知費用就會相當昂貴，但是，效果是滿意的。在起病10天內靜脈滴注該藥，可使冠狀動脈病變的發生率顯著降低。
除上面介紹的治療方法外，患兒應注意休息好，尤其已有冠狀動脈病的患兒更須臥床休息，恢復期要避免體力活動。口腔、齒齦和咽喉腫痛難以進食的，應予靜脈輸液或給予流質飲食。