甲亢是一種療程較長的疾病，治療過程少則1~2年，多則十幾年，給患者帶來很大煩惱，治療過程中導致病情複雜，療程較長的原因主要包括以下幾個方面：
誤食含碘食物：碘是甲狀腺合成甲狀腺素的必要原料。甲亢患者的用碘量遠遠超過了正常人，而製造出過多的甲狀腺素，使人體出現怕熱、多汗、心悸、體重減輕、食欲增大等症狀，如果再多食含碘食物如：海帶、紫菜等，就會給甲狀腺提供過多的原料，製造出更多的甲狀腺素，減少了藥物抑制甲狀腺合成的作用，另外，這些碘類食物可在甲狀腺儲存270多天，影響治療過程。
誤服含碘藥物：尤其是在使用中藥治療的過程中，中醫認為甲亢為“癭瘤”是由於缺碘引起，治療時會用海藻、昆布等藥物。但是有些甲亢不是因為缺碘而引起，因此應用這些藥物無疑是火上澆油。
藥物治療不規範：甲亢是一種慢性疾病，療程較長，一些患者只吃幾天藥未明顯見效就另尋他途，有些藥物在這麼短的時間內跟本不能發揮藥效，所以得堅持治療，才會有效。還有些人認為症狀消失就是痊癒了，於是中斷服藥，導致病情又加重，這也是治療過程加長的原因。
拒絕手術及放射治療：手術治療和放射性碘治療對有些甲亢患者是很有必要的，但是有些患者害怕其副作用，即使符合治療標準也不願採取這兩種治療方法，從而導致療程長。