甲亢復發是指甲亢完全緩解，停藥半年以後又有反復者，主要在停藥後第一年內發生，3年後復發率則明顯減少，總的復發率在30%左右。抗甲狀腺藥物治療的復發問題也是一個非常重要的問題，應該引起醫務工作者和患者的注意。為防止復發，就必須嚴格掌握停藥指征，必要時可以給予小劑量的抗甲狀腺藥物長期維持。一旦停藥後甲亢復發，治療可以選用以下的方法：
（1）繼續應用抗甲狀腺藥物治療 復發後仍然可以用抗甲狀腺藥物治療，儘管其復發率更高，但對甲狀腺無明顯增大者、年齡較輕者，首先推薦繼續此法治療。對其他病人也可使用，當然也可改用甲狀腺手術或同位素治療。
（2）應用甲狀腺次全切除術治療。