妊娠期甲亢儘量選用藥物治療，但對於某些特殊的患者，只能選擇手術治療，如藥物不能控制甲亢症狀者、對抗甲亢藥物過敏者或不能堅持服藥者、合併甲狀腺占位疑有癌變者等等。
一般在妊娠的4～6個月進行手術治療比較安全。過早可引起流產，過晚可引起早產。對於需手術者，圍手術期處理便顯得極為重要。首先，注意休息，補充充足的熱量和營養，以滿足母胎之需要。第二，手術前首選丙硫氧嘧啶，用量為50～100mg，每8小時1次，應用2周；術前短期應用盧戈氏液每天5～10滴，連用5天；並于術前應用地塞米松10～20mg／d，進行快速準備；第三，加強術中監護，應用刺激小的硬膜外麻醉並給予鎮靜藥，以防誘發甲亢危象；第四，密切隨訪游離三碘甲狀腺原氨酸（FT3）、游離甲狀腺素、促甲狀腺激素水準；第五，術後必須在婦產科醫師配合下加強保胎治療，及時應用有關藥物，以保證母胎安全。