治療甲亢選擇正確的治療方法和藥物對病情的預後至關重要。首先患者要樹立起戰勝疾病的信心，積極密切地配合醫生的治療方案，調節飲食，補充足夠的營養，控制精神情緒，注意休息，按時按量服藥。
醫生則要根據患者的年齡、體重、體質的強弱、甲狀腺的大小、突眼程度、心肝腎等臟器的功能、有什麼合併症，是否有手術指征等情況進行綜合分析，從而正確地選擇是否用內科、外科或同位素治療，並注意各種治療方法的適應症和禁忌症。
抗甲狀腺藥治療仍然是目前最重要的治療手段，既對免疫監護有改善作用，又是手術和131碘治療的基礎療法。一般初治患者以內科口服抗甲狀腺藥物為主，若適合131碘療法或有手術指征者，則可選擇後兩種療法。復發病例，不管是藥物治療失敗或術後復發，均可採用131碘治療，而藥物初治失敗者則多採用手術治療;當然，亦有再用藥物治療而有效者。