治療甲亢，選擇正確的治療方法和藥物對病情的預後至關重要。首先患者要樹立起戰勝疾病的信心，積極密切地配合醫生的治療方案，調節飲食，補充足夠的營養，控制精神情緒，注意休息，按時按量服藥；而醫生則要根據病人的年齡、體重、體質的強弱、甲狀腺的大小、突眼程度、心肝腎等臟器的功能、有什麼合併症，是否有手術指征等情況進行綜合分析，從而正確地選擇是否用內科、外科或同位素治療，並注意各種治療方法的適應症和禁忌症。
1．抗甲狀腺藥物治療：年齡在40歲以下，首次發病，病情不嚴重，妊娠患者，復發而服抗甲狀腺藥物有效者，伴發浸潤性突眼、白細胞低下或合併心臟病等併發症者，但要在醫生指導下加服強的松，心得安等以對症處理。
2．放射性131碘治療：年齡在25歲以上，手術後復發者，合併有心肝腎等臟器嚴重器質性病變或糖尿病等嚴重疾病而不宜手術治療者，用抗甲狀腺藥物治療無效或過敏者，停藥復發者，不願或不宜手術者，伴有嚴重突眼者等，均可選擇此法。
3．手術治療：年齡在40歲以上的甲亢患者，甲狀腺腫大顯著；或壓迫鄰近器官；或服抗甲狀腺藥後甲狀腺增大明顯，加用甲狀腺片無明顯縮小；或用抗甲狀腺藥規則治療後復發者；或堅持長期治療有困難者；或為毒性結節性甲狀腺腫；或胸骨後毒性甲狀腺腫者；或甲狀腺癌者，均可選擇手術治療。