妊娠早期發現甲亢，儘量作人工流產，等到甲狀腺功能控制到正常水準，停藥後才可考慮再次妊娠，畢竟抗甲狀腺藥物以及甲亢本身對胎兒的發育還是有影響的。
如果必須保留妊娠，則主要採用抗甲狀腺藥物治療，也可選用手術治療，但禁用放射性藥物進行治療，因為放射性藥物可通過胎盤造成胎兒甲狀腺組織破壞。在藥物治療中，應注意不可給予普萘洛爾（心得安）作輔助性治療，因為普萘洛爾可引起胎兒生長發育遲緩、心動過緩、早產及新生兒呼吸窘迫。
對抗甲狀腺藥物的選擇上，一般選用丙基硫氧嘧啶，因其通過胎盤的量比甲巰咪唑少，而且能抑制T4轉化為T3。
妊娠早期，胎兒的甲狀腺未發育成熟，不具有吸碘功能，不受TSH興奮，抗甲狀腺藥物用量與非妊娠者相同，應儘快控制甲亢症狀，以利於妊娠。妊娠中期，胎兒甲狀腺功能已基本發育成熟，抗甲狀腺藥物用量不盲過大；為防止胎兒甲狀腺功能低下，應把孕婦的甲狀腺功能控制在正常稍高水準。
妊娠晚期是胎兒腦發育的關鍵，抗甲狀腺藥物的用量要進一步減少或停用，如丙基硫氧嘧啶用量不能超過每日100毫克，以免影響胎兒的大腦發育。