再生障礙性貧血患者在進行造血幹細胞移植時，一般採用靜脈輸注的方式將配型成功的造血幹細胞輸注入患者的體內。移植用造血幹細胞可能來源於外周血液、骨髓和臍帶血，不同來源造血幹細胞雖均採用靜脈輸注的方式移植，但其過程不完全相同。
再障患者在輸注新鮮骨髓造血幹細胞前，需要給予少量激素治療，如氟美松5毫克，且輸注的時間不宜超過三個小時。由於骨髓中含有較多的脂肪顆粒，可能引起肺栓塞，因此在骨髓幹細胞輸注最後的10毫升骨髓應丟棄不用。另外需要注意的是，輸注的骨髓需要採用肝素抗凝，並同時在另一靜脈通路輸注魚精蛋白以中和肝素。
輸注新鮮外周血幹細胞時，應採用去掉濾網的輸血器，以防止幹細胞黏附。輸注前需要給與少量糖皮質激素以防止過敏反應的發生。輸注過程中護理人員需要密切觀察患者，出現不良反應應及時給予對症處理。
臍帶血造血幹細胞一般都是在液氮容器中冷凍保存的，在輸注前需要進行水浴解凍，然後不加熱和處理即刻從靜脈快速輸注給患者，輸注過程需在十分鐘之內完成。