目前認為，子宮內膜和血液中前列腺素含量增高是痛經的主要原因。因為大量前列腺素對子宮有興奮作用，可以引起子宮肌肉的強烈收縮，引起子宮缺血、缺氧而產生較劇烈的疼痛。同樣，大量前列腺素也可引起胃腸道的肌肉收縮，所以痛經的婦女還可有噁心、嘔吐、腹痛等胃腸道症狀。總結起來，引起痛經的原因包括：
（1）遺傳因素，女兒發生痛經與母親痛經有一定的關係。
（2）內分泌因素，月經期腹痛與黃體期孕酮升高有關。
（3）子宮內膜以及月經血中前列腺素（PG）含量升高，前列腺素E2（PGE2）作用於子宮肌纖維使之收縮引起痛經。
（4）子宮的過度收縮，雖然痛經患者子宮收縮壓力與正常婦女基本相同（正常者壓力約為4.9KPA），但子宮收縮持續時間較長，且往往不易完全放鬆，故發生因子宮過度收縮所致的痛經。
（5）過度焦慮、緊張和恐懼等精神因素。
（6）貧血、慢性疾病等體質較差。