惡性貧血起病緩慢。症狀開始出現時患者大多已年逾40歲，30歲以下者罕見。臨床表現主要包括貧血、胃腸道症狀及神經系統症狀。
貧血 表現為軟弱無力，體重減輕但不消瘦。面色蒼白，皮膚及鞏膜常有輕度黃疸。體力活動時常見氣急、心跳加快、頭暈、耳鳴、脈搏加快。極少數病人初診時可以沒有貧血或僅極輕度貧血而先有其他症狀。
胃腸道症狀 舌痛或燒灼感是常見的症狀，最早出現於舌尖及邊緣，有時可以滿口及咽部疼痛，吞咽時有燒灼痛感。
神經系統症狀 約70%~95%患者遲早會出現這些症狀。神經系統症狀可以是少數病人最早出現的症狀，偶爾可有神經系統症狀而無貧血。
其他症狀 皮膚可有包素沉著。血小板減少，皮膚和黏膜可以出現少數出血點，貧血嚴重時眼常有出血。感染時存低熱。少數病人可有輕度肝、脾腫大。感染時寸有低熱。貧血嚴重者可發牛心力衰竭。女性病人常有閉經。