1906年， 清軍改制， 黎元洪任陸軍暫編第二十一協協統， 成為湖北軍界真正的佼佼者。 他在軍中獲得士兵廣泛擁戴， 威信極高。 1907年， 張之洞奉調入京之後，
對當時的革命党人， 黎元洪是寬柔的， 他睜一隻眼閉一隻眼， 沒有維穩鎮壓。 1903年， 著名革命党人劉靜庵得到黎元洪提拔， 後來劉靜庵與黃興的信件被查獲， 黎元洪也只是讓劉靜庵辭職了事。 1907年， 革命党人季雨霖入獄， 黎元洪將其保釋。 1909年， 革命党人張漢傑因揭露湖廣總督陳夔龍貪贓枉法而獲罪， 黎元洪為其說情並將其保出……黎元洪被稱為“愛護當兵文人、厚重知兵”的“當時名將”。 他在軍界確實甚得“軍心”，
1911年10月10日， 武昌起義成功， 但是革命党的領袖們不在武昌， 黃興、宋教仁遠在上海， 孫中山還在美國， 群龍無首。 義軍們只有尋找近水樓臺， 黎元洪是眾望所歸， 但他一時作難。 便躲到部下劉文吉家中， 自忖：“我身居協統地位， 部下兵變， 如果革命黨失敗， 我必定會受到朝廷的嚴厲處分；如果革命党成功， 我能否活命也不得而知。 ”
追蹤到黎元洪的革命党人蔡濟民要他出來， 對他喊話：“黎老師在此， 我等偵察確實， 毋庸諱言， 我等皆公之學生， 今日舉動， 實我公平日教育之所致， 對我公絕無殘害之理， 請公速出， 主持大計， 不要畏懼， 不必懷疑。 ”另一革命党人朱繼烈甚至要舉刀自殺以逼黎元洪就範。
因此插曲， 黎元洪後來被妖魔化， 人們說他在革命發生時嚇得躲到床下， 甚至說他躲到小老婆床下， 說他是“床下都督”。 人們還說他被革命的槍聲嚇破了膽， 當義軍要他出任軍政府首腦時， 他連說“莫害我、莫害我”……這些演義都沒有事實根據。
事實上， 儘管起義軍人以槍相逼， 讓黎元洪做義軍都督， 但他“態度沉默， 不多言語”， 三天內一言不發。 其間， 革命黨人多次威逼， 甚至要槍斃他。 三天后的10月13日， 黎元洪最終同意出任都督。 這天下午， 他在革命黨人的勸說下剪掉了辮子， 還摸著光頭笑道：“有點像彌勒佛了。 ”黎元洪出任都督之後， 一反呆若木雞之態， 即刻主持軍政會議，稱：“自此以後，我即為軍政府之一人，不計成敗利鈍，與諸君共生死。”
黎元洪接見了美國駐漢口領事，決心“廢除封建帝制，建立民國，以共和為政體”。17日，革命党人在武昌閱馬場舉行設壇、祭天、誓師活動，設黃帝軒轅氏牌位，樹“湖北軍政府都督黎”大旗。黎元洪宣誓：”以我五洲各國立於同等，用順天心，建設共和大業！”正式就任大總統。
即刻主持軍政會議，稱：“自此以後，我即為軍政府之一人，不計成敗利鈍，與諸君共生死。”黎元洪接見了美國駐漢口領事，決心“廢除封建帝制，建立民國，以共和為政體”。17日，革命党人在武昌閱馬場舉行設壇、祭天、誓師活動，設黃帝軒轅氏牌位，樹“湖北軍政府都督黎”大旗。黎元洪宣誓：”以我五洲各國立於同等，用順天心，建設共和大業！”正式就任大總統。