1862年1月30日，
即同治元年的第一天，
清廷慈禧太后給曾國藩頒發了一號聖旨，
任命他為協辦大學士，
統管蘇、皖、贛、浙四省軍務，
同進還任命曾國荃為江蘇布政使。
在高官厚祿刺激之下，
曾家兄弟開始了加快進攻太平天國的步伐。
為了確保打下天京， 曾國藩採用穩健謹慎的態度， 指揮天京上游各路湘軍對天京進行戰略包圍， 以策應曾國荃順利突進。 其中一路由曾國葆掃清南岸蕪湖防線。 二路由彭玉麟率水師策應長江兩岸， 配合曾國荃進軍天京。 三路由鮑超負責攻佔甯國。 四路由張運蘭負責防守徽州，
因蘇南李秀成兵團， 浙江李世賢兵團， 皖南楊輔清兵團三大主力各自為戰， 遠離了天京上游兩岸長江防線， 從而坐視湘軍長驅直入直指天京。 因中樞指揮系統的無能， 加上地方實力派的漠視， 使得太平軍的兵鋒失去了楊秀清時代的巨大威力。
1862年5月30日， 彭玉麟率領湘軍水師八營的兵力一舉攻佔了頭關、江心洲、蒲包洲， 進泊金陵護城河。 第二天， 曾國荃率領湘軍陸師九千人也隨即開到天京城外， 紮營于城南雨花臺。
湘軍進抵天京城下， 使洪秀全非常吃驚， 雖估計到湘軍“必順流東下進攻天京， 但從未準備彼等能突如其來如是之速”。
雨花臺是天京南面咽喉， 也是天京兩大主糧道之一，
李秀成不得不停止進攻上海， 回到蘇州， 於6月22日召集各將領分析形勢， 商討救京之策。 他認為曾國荃所部湘軍“由上而下， 利在水軍， 我勞其逸， 水道難爭”， 加之湘軍近來屢勝， 其勢正銳， 因而“不欲與戰”， 決定等兩年之後， 湘軍“兵久而必無鬥戰之心， 然後再與其戰”。 於是， 先將蘇州的財物、米糧、軍火全部解送天京， 以利固守；同時， 派李明成率兵一部趕回天京， 加強防務。
1862年的夏季， 江南地區突發了一場瘟疫。
1862年7月11日， 西南屏障甯國府城被湘軍鮑超部攻陷。 16日， 保王童容海率部襲取廣德， 殺李世賢部守將馬桂功後， 宣佈降清。
8月6日， 李秀成再次組織王爺召開軍事研討會， 商量救京事宜。 會議制定了三路進軍的援救方案：一路由楊輔清率領， 攻擊甯國， 牽制鮑超；一路由陳坤書率領， 攻擊當塗， 切斷曾國荃糧道；主力由李秀成親自率領， 與曾國荃在雨花臺進行決戰。
1862年9月14日， 李秀成等十三位王爺領兵從蘇州出發， 浩浩蕩蕩開往天京前線， 揭開了援救天京的序幕， 史稱“十三王雨花臺救駕”。
此次， 李秀成督率回救天京的將領共有十三王， 領兵十余萬人， 到東壩會齊後， 分路進紮方山、板橋一線。 與此同時， 陳坤書等率四萬人進至安徽太平府， 擬攻金柱關， 斷敵蕪湖之援；楊輔清、黃文金等則分路進逼甯國府城， 以牽制鮑超部湘軍。
在雨花臺外， 太平軍連營五、六十裡， 紮營數百座， 東至方山， 西至板橋鎮， 旗幟遮天蔽日， 刀槍如林似海， 與天京城內的太平軍遙相呼應。 湘軍相顧失色。
整個戰役分成四個階段， 每一階段每一次衝鋒與防守都是一次你死我活的殘酷搏鬥。 第一階段六天， 李秀成強攻，
憑藉強大的兵力優勢， 李秀成用全面進攻讓曾國荃顧此失彼， 一舉摧毀了天京城外的湘軍。 1862年10月13日， 李秀成發動了第一次全面攻擊， 打擊曾國荃的東西兩翼。 東翼是曾國荃的主力， 西翼是曾國荃的糧道， 李秀成率軍從東西兩翼猛攻的時候， 曾國荃告訴手下人讓長毛靠近了再打， 一來打得更准，二來節約子彈。李秀成以幾萬太平軍為前部，人人背負木板，以擋湘軍火器，手拿乾草，以填外壕，蛇行前進，一齊對湘軍發動衝鋒。湘軍于壕邊、壘內以強大火力還擊，洋槍洋炮盡向太平軍身上傾瀉，木板難以阻擋大炮的威力，大片士兵倒下，後繼者又前赴後繼，向前衝殺。排炮的威力自然非同小可，李秀成指揮太平軍聽到炮響就臥倒，等湘軍打完再前進，這種打法損失慘重的還是太平軍。
1862年10月15日，李秀成發動第二次攻擊，目標鎖定湘軍西線江心洲。李秀成指揮太平軍抄襲江心洲後路，以切斷曾國荃的交通線。曾國荃深知此招毒辣，趕緊命令湘軍日夜開工，修築了十幾座營壘，與太平軍在洲上對峙，確保糧道通暢。 太平軍全面進攻打六天后，曾國荃營壘絲毫未動，湘軍的防守能力非同小可。
1862年10月18日，為期六天的重點進攻開始打響，李秀成使出了殺手鐧，集中全軍的兩萬多杆洋槍洋炮，重點打擊湘軍東路曾國荃主力。
李秀成憑著炮火優勢向湘軍發起猛烈衝鋒，·曾國荃深知洋槍洋炮的厲害，不敢出來應戰，只是命令兵將死守陣地，投擲火球、施放槍炮，拼命抵抗。這種打法雙方雖傷亡慘重，但戰事仍在激烈地進行。 1862年10月22日，李秀成繼續加強攻擊力。太平軍在炮火支援和掩護下，用頭頂木板，彎腰迂回前進，躲避湘軍槍彈，齊聲呐喊，沖到壕前，用草把填壕，試圖沖進湘軍陣地展開肉搏戰。見太平軍突破壕溝，殺將進來，曾國荃脫掉外套，沖到壕前，親自督戰，拼死擋住太平軍前所未有的強大攻勢，督戰中的曾國荃面頰也被打傷。湘軍將士在曾國荃的感染下沒有膽怯退縮，反而越戰越勇，始終沒有讓太平軍越過壕溝一步。
1862年10月23日，雨花臺之戰開始進入白熱化的第三階段，為期十一天的戰鬥是整個雨花臺之戰打得最艱苦最慘烈的一個階段。
此時侍王李世賢帶領三四萬太平軍，也從浙江趕來助戰。兵力佔據優勢的李秀成，再次指揮太平軍掀起了第一次進攻高潮，他一邊加大正面攻擊力度，一邊趁著湘軍注意力被地面部隊吸引的機會，玩起了地道戰。
1862年10月26日，為麻痹曾國荃，李秀成命令木匠衙趕制大批木箱，偷偷在木箱砌成的牆體下麵開挖地道，明是為阻擋炮火，暗地裡在其下挖掘地道，以圖接通湘軍營盤。10月27日，湘軍組織了三支衝鋒隊，向太平軍西線營盤發動突然襲擊。太平軍猝不及防，十二座營盤被湘軍衝破，死傷慘重。
1862年11月3日，李秀成攻擊波開始，在李秀成的親自指揮下，湘軍壕牆被太平軍土營火藥炸開兩個缺口，太平軍將士在炮火支援下，一邊呐喊，一邊沖向湘軍陣地。在太平軍就要衝進缺口時，曾國荃又帶著大批湘軍殺到，在缺口處用槍炮猛烈回擊太平軍。因挨得太近，湘軍的武器殺傷力達到極限，太平軍付出了慘重代價，還是沒能衝破湘軍防線殺進缺口，湘軍人雖少，卻久經戰火錘煉，特別是經安慶血戰，早就勇不畏死，太平軍反復衝殺，湘軍拚死堵擊，地道轟發之後，立即從營中沖出，並力搶堵攔擊。太平軍往返衝殺達五六次之多，終不得入。4日，西路太平軍決長江之水，冀斷敵糧運。湘軍水師出動舢板，駐守雙閘，配合陸師保護水道。東路太平軍則繼續挖掘地道，向敵進攻。湘軍以對挖的辦法進行破壞，每挖通一處地道，或熏以毒煙，或灌以穢水，或以木樁堵洞口，使太平軍的地道連連失效。地道戰激烈進行之時，李秀成指揮太平軍向壕溝發起猛烈衝鋒，太平軍在地面戰中仍占著優勢，可意外情況出現卻改變了歷史的進程，就在太平軍快要越壕而過時，突天降大雨，太平軍槍炮全變成啞巴，只得退出戰鬥，功敗垂成。
因太平軍沒有水師，不像湘軍可從水上及時運輸，天京附近又無糧，因糧食接濟不上，太平軍開始鬧糧荒，加上進入了十月天，氣溫逐漸寒冷，各軍從八月出發，未帶寒衣。在1862年11月26日，雨花臺大戰的第46天，李秀成以進為退，向曾國荃發動了最後一次強攻，隨後命令部隊全部撤出戰鬥。太平軍就這樣沒有將這群已經窮途末路的清軍吃掉。此時，李鴻章和左宗棠又相繼率軍騷擾李秀成大軍的駐地，李秀成擔心大本營保不住，只得倉皇撤退，李世賢率西路退秣陵關，旋退東壩小丹陽；李秀成率東路進入天京。至此，十三王回援天京的雨花臺之戰結束。
李秀成此次率十三王回援天京，兵力上佔有絕對優勢，不足處是湘軍擁有水師控制長江水道。整體來說太平軍久攻不克原因，一是湘軍善築壘頑抗，二是太平軍缺衣少糧，三是主觀指導失誤，湘軍曾因兵力不足，暫時停止攻勢時，洪秀全未能抓緊時機加強西線的防禦，使曾國荃部湘軍得以迅速竄至天京雨花臺。當時曾國荃部水陸各營雖有近三萬人，能作戰者不過六、七千人，對太平軍來說，仍是殲敵的好時機，但天京高層事先沒有準備，直至湘軍兵臨天京城下，才倉卒調兵，及至各路援軍趕到，敵人已深溝高壘，以逸待勞，增加了反擊作戰的困難。再者，李秀成率十三王回救時，面對已修堅固工事的湘軍，未能配合城內守軍設法予敵以消耗，再進行圍攻，而是連日輪番攻擊，企圖速勝，結果鈍兵挫銳，力屈罷攻。此外，此戰沒有正確地選擇好主攻方向，使進至天京的湘軍立營于江邊至雨花臺之間的狹長地帶，其西面是水師與陸師的結合部，又是糧運通道。誠如是李秀成如將主力放在西路，先斷清軍水陸聯繫，斷其糧源，進而集中優勢兵力攻殲西路之敵，動搖雨花臺大營，則還有取勝之機，可此戰未贏，太平天國危矣。
1862年10月15日，李秀成發動第二次攻擊，目標鎖定湘軍西線江心洲。李秀成指揮太平軍抄襲江心洲後路，以切斷曾國荃的交通線。曾國荃深知此招毒辣，趕緊命令湘軍日夜開工，修築了十幾座營壘，與太平軍在洲上對峙，確保糧道通暢。 太平軍全面進攻打六天后，曾國荃營壘絲毫未動，湘軍的防守能力非同小可。
1862年10月18日，為期六天的重點進攻開始打響，李秀成使出了殺手鐧，集中全軍的兩萬多杆洋槍洋炮，重點打擊湘軍東路曾國荃主力。
李秀成憑著炮火優勢向湘軍發起猛烈衝鋒，·曾國荃深知洋槍洋炮的厲害，不敢出來應戰，只是命令兵將死守陣地，投擲火球、施放槍炮，拼命抵抗。這種打法雙方雖傷亡慘重，但戰事仍在激烈地進行。 1862年10月22日，李秀成繼續加強攻擊力。太平軍在炮火支援和掩護下，用頭頂木板，彎腰迂回前進，躲避湘軍槍彈，齊聲呐喊，沖到壕前，用草把填壕，試圖沖進湘軍陣地展開肉搏戰。見太平軍突破壕溝，殺將進來，曾國荃脫掉外套，沖到壕前，親自督戰，拼死擋住太平軍前所未有的強大攻勢，督戰中的曾國荃面頰也被打傷。湘軍將士在曾國荃的感染下沒有膽怯退縮，反而越戰越勇，始終沒有讓太平軍越過壕溝一步。
1862年10月23日，雨花臺之戰開始進入白熱化的第三階段，為期十一天的戰鬥是整個雨花臺之戰打得最艱苦最慘烈的一個階段。
此時侍王李世賢帶領三四萬太平軍，也從浙江趕來助戰。兵力佔據優勢的李秀成，再次指揮太平軍掀起了第一次進攻高潮，他一邊加大正面攻擊力度，一邊趁著湘軍注意力被地面部隊吸引的機會，玩起了地道戰。
1862年10月26日，為麻痹曾國荃，李秀成命令木匠衙趕制大批木箱，偷偷在木箱砌成的牆體下麵開挖地道，明是為阻擋炮火，暗地裡在其下挖掘地道，以圖接通湘軍營盤。10月27日，湘軍組織了三支衝鋒隊，向太平軍西線營盤發動突然襲擊。太平軍猝不及防，十二座營盤被湘軍衝破，死傷慘重。
1862年11月3日，李秀成攻擊波開始，在李秀成的親自指揮下，湘軍壕牆被太平軍土營火藥炸開兩個缺口，太平軍將士在炮火支援下，一邊呐喊，一邊沖向湘軍陣地。在太平軍就要衝進缺口時，曾國荃又帶著大批湘軍殺到，在缺口處用槍炮猛烈回擊太平軍。因挨得太近，湘軍的武器殺傷力達到極限，太平軍付出了慘重代價，還是沒能衝破湘軍防線殺進缺口，湘軍人雖少，卻久經戰火錘煉，特別是經安慶血戰，早就勇不畏死，太平軍反復衝殺，湘軍拚死堵擊，地道轟發之後，立即從營中沖出，並力搶堵攔擊。太平軍往返衝殺達五六次之多，終不得入。4日，西路太平軍決長江之水，冀斷敵糧運。湘軍水師出動舢板，駐守雙閘，配合陸師保護水道。東路太平軍則繼續挖掘地道，向敵進攻。湘軍以對挖的辦法進行破壞，每挖通一處地道，或熏以毒煙，或灌以穢水，或以木樁堵洞口，使太平軍的地道連連失效。地道戰激烈進行之時，李秀成指揮太平軍向壕溝發起猛烈衝鋒，太平軍在地面戰中仍占著優勢，可意外情況出現卻改變了歷史的進程，就在太平軍快要越壕而過時，突天降大雨，太平軍槍炮全變成啞巴，只得退出戰鬥，功敗垂成。
因太平軍沒有水師，不像湘軍可從水上及時運輸，天京附近又無糧，因糧食接濟不上，太平軍開始鬧糧荒，加上進入了十月天，氣溫逐漸寒冷，各軍從八月出發，未帶寒衣。在1862年11月26日，雨花臺大戰的第46天，李秀成以進為退，向曾國荃發動了最後一次強攻，隨後命令部隊全部撤出戰鬥。太平軍就這樣沒有將這群已經窮途末路的清軍吃掉。此時，李鴻章和左宗棠又相繼率軍騷擾李秀成大軍的駐地，李秀成擔心大本營保不住，只得倉皇撤退，李世賢率西路退秣陵關，旋退東壩小丹陽；李秀成率東路進入天京。至此，十三王回援天京的雨花臺之戰結束。
李秀成此次率十三王回援天京，兵力上佔有絕對優勢，不足處是湘軍擁有水師控制長江水道。整體來說太平軍久攻不克原因，一是湘軍善築壘頑抗，二是太平軍缺衣少糧，三是主觀指導失誤，湘軍曾因兵力不足，暫時停止攻勢時，洪秀全未能抓緊時機加強西線的防禦，使曾國荃部湘軍得以迅速竄至天京雨花臺。當時曾國荃部水陸各營雖有近三萬人，能作戰者不過六、七千人，對太平軍來說，仍是殲敵的好時機，但天京高層事先沒有準備，直至湘軍兵臨天京城下，才倉卒調兵，及至各路援軍趕到，敵人已深溝高壘，以逸待勞，增加了反擊作戰的困難。再者，李秀成率十三王回救時，面對已修堅固工事的湘軍，未能配合城內守軍設法予敵以消耗，再進行圍攻，而是連日輪番攻擊，企圖速勝，結果鈍兵挫銳，力屈罷攻。此外，此戰沒有正確地選擇好主攻方向，使進至天京的湘軍立營于江邊至雨花臺之間的狹長地帶，其西面是水師與陸師的結合部，又是糧運通道。誠如是李秀成如將主力放在西路，先斷清軍水陸聯繫，斷其糧源，進而集中優勢兵力攻殲西路之敵，動搖雨花臺大營，則還有取勝之機，可此戰未贏，太平天國危矣。