錦鯉在幼魚階段很難分別雌雄。 錦鯉長至成魚後， 雌雄就有區別了， 我們就可以從頭部、體型、腹部、胸鰭、生殖孔、等多方面區別它們。
1、頭部
雌魚頭部稍窄並較長；雄魚頭部寬而短， 額部稍突起。
2、體型
雌魚身體較豐滿， 腹部膨大， 越接近臨產時腹部膨大越明顯；雄魚的體型較瘦長。
3、胸鰭
雌魚的胸鰭端部呈圓形， 較大；雄魚的胸鰭端部略小而稍圓， 粗壯而強硬。 在生殖季節， 雌、雄魚的區別十分明顯，
4、腹部和生殖孔
雌魚的腹部膨脹而柔軟；雄魚腹部小而堅硬， 用手一摸即可判別。 雄魚生殖孔小而下凹；雌魚生殖孔稍寬而扁平， 微有外凸。